入职公司签保密协议违约罚5000是否合法，需分情况讨论：

1. 保密协议本身的合法性：

   • 根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。因此，保密协议本身是合法的，只要其内容不违反法律法规的强制性规定，且双方自愿签订。

2. 违约金条款的合法性：

   • 一般情况：根据《劳动合同法》第二十五条，除本法第二十二条（服务期）和第二十三条（竞业限制）规定的情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。这意味着，在一般的保密协议中，如果仅涉及保密义务，而没有涉及服务期或竞业限制，那么约定违约金可能是不合法的。
   • 特殊情况：如果保密协议中同时包含了竞业限制条款，并且用人单位按照法律规定向劳动者支付了经济补偿，那么在这种情况下，约定违约金是合法的。但违约金的数额应当合理，不能过高，否则可能被法院或仲裁机构调整。

3. 违约金数额的合理性：

   • 即使保密协议中的违约金条款在形式上合法，其数额也必须合理。如果违约金数额过高，超出了用人单位因劳动者违约所遭受的实际损失，那么该违约金条款可能被视为显失公平，从而被法院或仲裁机构调整或撤销。
   • 在您的情况下，如果保密协议仅涉及一般的保密义务，且没有涉及服务期或竞业限制，那么约定5000元的违约金可能是不合法的。如果涉及竞业限制，并且用人单位已经支付了经济补偿，那么5000元的违约金是否合理，则需要根据具体情况来判断，包括用人单位的实际损失、劳动者的违约程度等因素。

建议：

• 如果您对保密协议中的违约金条款有疑问，建议先仔细阅读协议内容，了解其中的具体条款和约定。
• 如果认为违约金条款不合法或不合理，可以与用人单位进行协商，寻求修改或删除该条款。
• 如果协商无果，您可以向当地的劳动争议仲裁机构或法院提起仲裁或诉讼，维护自己的合法权益。

后续行动：

• 在处理此类问题时，请务必保留好相关证据，如保密协议、工资单、经济补偿支付记录等，以便在需要时提供证明。
• 如果您需要进一步的法律帮助或咨询，请直接向我提问，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。