结论：在合同中约定“协商不成的向甲方所在地法院起诉”的情况下，原则上不能直接向乙方所在地法院起诉，但存在例外情形。以下从不同角度为你详细分析：
一、合同约定优先原则
根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条：“合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。”
在你们签订的合同中，已经明确约定了“协商不成的向甲方所在地法院起诉”，这是双方对管辖法院的明确约定，且该约定不违反级别管辖和专属管辖的规定，因此是有效的。在合同纠纷发生后，双方应当首先遵循这一约定，向甲方所在地法院提起诉讼。
二、例外情形分析
尽管合同中有明确的管辖约定，但在某些特殊情况下，乙方仍然有可能向乙方所在地法院起诉：
甲方所在地法院无法行使管辖权：
- 如果甲方所在地法院由于某种原因（如法院合并、撤销、管辖区域调整等）无法行使管辖权，或者甲方所在地法院认为案件不属于其管辖范围，那么乙方可以根据实际情况，向有管辖权的其他法院（包括乙方所在地法院）提起诉讼。但这种情况较为罕见，且需要法院出具相应的证明或裁定。
双方达成新的管辖协议：
- 在合同纠纷发生后，如果双方能够再次协商并达成新的管辖协议，约定由乙方所在地法院管辖，那么乙方当然可以向乙方所在地法院提起诉讼。但这种情况需要双方自愿且达成一致意见，且新的管辖协议应当符合法律规定。
乙方所在地与争议有实际联系：
- 虽然合同中约定了甲方所在地法院管辖，但如果乙方能够证明乙方所在地与争议有实际联系（如合同履行地、合同签订地、标的物所在地等在乙方所在地），且该联系足以成为管辖的依据，那么乙方在特定情况下（如甲方所在地法院拒绝管辖或双方同意变更管辖）可能有机会向乙方所在地法院提起诉讼。但这种情况需要法院根据具体案件情况进行判断。
三、法律建议
遵守合同约定：
- 在合同纠纷发生后，双方应当首先遵守合同中的管辖约定，向甲方所在地法院提起诉讼。这是尊重合同精神、维护交易秩序的重要体现。
积极协商解决：
- 如果双方对管辖法院有争议，或者认为向甲方所在地法院起诉存在不便，可以积极协商解决。通过协商达成新的管辖协议，或者寻求其他争议解决方式（如仲裁、调解等），以避免不必要的法律纠纷和诉讼成本。
寻求法律帮助：
- 如果双方无法就管辖法院达成一致意见，或者认为合同中的管辖约定存在不公平、不合理之处，可以寻求法律帮助。作为专业律师，我可以根据具体情况为你们提供法律咨询和诉讼代理服务，帮助你们维护合法权益。
如果你在合同纠纷方面还有其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。