结论：合同中约定“如有纠纷协商不成，可向甲方所在地起诉”，在一般情况下，确实意味着乙方所在地法院没有管辖权，但这一约定并非绝对有效，存在例外情况。

分析说明：

1. 协议管辖的基本原则：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反级别管辖和专属管辖的规定。
   • 在您提供的合同条款中，双方约定了“如有纠纷协商不成，可向甲方所在地起诉”，这属于协议管辖的范畴。只要该约定不违反级别管辖和专属管辖的规定，且是双方真实意思的表示，那么该约定通常是有效的。

2. 乙方所在地法院管辖权的排除：

   • 在双方明确约定了管辖法院为甲方所在地法院的情况下，乙方所在地法院通常不再具有管辖权。这是因为双方已经通过协议方式确定了管辖法院，排除了其他法院的管辖权。

3. 例外情况：

   • 约定无效的情形：如果该协议管辖条款存在违反法律、行政法规的强制性规定，或者存在欺诈、胁迫等情形导致条款无效，那么乙方所在地法院可能仍然具有管辖权。
   • 未实际履行且双方住所地均不在约定地：如果合同没有实际履行，且双方当事人的住所地均不在合同约定的履行地的，应由被告住所地人民法院管辖。但这一规定主要适用于合同未实际履行且双方住所地均不在约定地的情况，与您提供的合同条款不完全吻合，但可作为理解协议管辖例外情况的一个参考。
   • 其他特殊情形：如涉及消费者权益保护、劳动争议等特殊类型的合同纠纷，可能适用特殊的管辖规定，这些规定可能优先于双方之间的协议管辖条款。

行动建议：

• 审查合同条款：首先，仔细审查合同中的协议管辖条款，确认其是否明确、具体，且不违反法律、行政法规的强制性规定。
• 考虑例外情况：如果认为可能存在约定无效或其他例外情况，建议咨询专业律师进行进一步分析。
• 准备应诉或起诉材料：根据管辖法院的确定情况，准备相应的应诉或起诉材料，包括证据收集、法律文书撰写等。

后续思考依据：

• 在处理合同纠纷时，管辖法院的确定是一个重要环节。它不仅关系到诉讼的便利性和成本，还可能影响诉讼的结果。因此，在签订合同时，双方应谨慎考虑管辖法院的约定，确保其合法、有效且符合双方利益。
• 如果对管辖法院的确定存在疑问或争议，建议及时咨询专业律师，以便得到更准确、更全面的法律意见和帮助。

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