偷盗三千元赃款已归还失主，即便失主不起诉，司法机关仍可能立案。以下从不同角度为您详细分析：
一、盗窃罪的构成与立案标准
根据《中华人民共和国刑法》及相关司法解释，盗窃罪是指以非法占有为目的，秘密窃取公私财物数额较大或者多次盗窃、入户盗窃、携带凶器盗窃、扒窃的行为。其中，“数额较大”通常指盗窃公私财物价值一千元至三千元以上（具体标准可能因地区而异，但三千元普遍达到或超过该标准）。因此，偷盗三千元赃款已构成盗窃罪，满足立案的数额标准。
二、归还财物对立案的影响
不影响犯罪构成：盗窃罪是行为犯，即只要实施了盗窃行为，就构成犯罪。归还财物属于退赃表现，是犯罪后的补救措施，不影响犯罪的构成。因此，即便归还了赃款，司法机关仍可能立案。
量刑时的考量因素：虽然归还财物不影响立案，但在量刑时，这一情节会被作为从轻情节考量。如果犯罪嫌疑人真诚悔悟、积极退赃退赔且取得失主谅解，法院在量刑时可能会酌情从轻处罚。
三、失主不起诉对立案的影响
刑事案件的立案主体：刑事案件的立案主体是司法机关（如公安机关、人民检察院），而非失主。失主不起诉，并不意味着司法机关不会立案。司法机关会根据案件事实和法律规定，独立决定是否立案。
失主的态度：虽然失主不起诉可能在一定程度上影响案件的处理（如影响量刑时的谅解情节），但并不影响司法机关对案件的立案和侦查。
四、可能不予立案的例外情况
如果盗窃财物的数额较小，同时及时归还财物，并且取得了被害人的谅解等，综合各方面情节，若判定为显著轻微且危害不大，那么可以不将其作为犯罪处理。但本案中，盗窃金额已达三千元，普遍达到或超过“数额较大”的标准，因此不属于这种例外情况。
五、建议与风险提示
主动配合调查：如果已被司法机关调查，建议主动配合，如实陈述事实，争取从轻处理。
积极退赃退赔：继续保持退赃退赔的态度，争取失主的谅解，这有助于在量刑时获得从轻处理。
咨询专业律师：如有需要，可以进一步向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。
总结来看，偷盗三千元赃款已归还失主，即便失主不起诉，司法机关仍可能立案。归还财物是犯罪后的补救措施，不影响犯罪的构成，但在量刑时会被作为从轻情节考量。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。