员工学历造假，公司不可以直接扣发其全部工资，但劳动者可能需根据具体情况返还部分工资或承担其他责任。以下从不同角度为您详细分析：
一、工资支付的基本原则
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条及《中华人民共和国劳动合同法》第二十八条，只要劳动者为用人单位提供了劳动，无论劳动合同是否有效或后续是否被解除，用人单位都应支付相应的劳动报酬。劳动报酬的数额可参照本单位相同或相近岗位劳动者的报酬确定。这意味着，即使员工学历造假，只要其实际为公司提供了劳动，公司就应支付其应得的工资。
二、学历造假对工资的影响及特殊情况处理
劳动合同无效与工资支付：
- 学历造假属于欺诈行为，可能导致劳动合同无效。但根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十八条，劳动合同无效并不影响劳动者对已付出劳动获得报酬的权利。
经济损失赔偿：
- 若员工的学历造假行为给公司造成了经济损失，公司有权依据《工资支付暂行规定》第十六条从员工工资中扣除赔偿金额。但每月扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
服务期违约金：
- 如公司与员工在劳动合同或其他协议中约定了服务期，并提供了专项培训费用等，员工因学历造假违反服务期约定时，需按约定支付违约金。该违约金可从工资中扣除，但同样需遵守上述关于工资扣除的限制。
三、公司不支付工资的应对措施
如果公司因员工学历造假而拒绝支付工资，员工可以采取以下措施：
协商：
- 首先尝试与公司友好协商，明确指出公司应依法支付工资，并保留好协商记录。
投诉与仲裁：
- 若协商无果，可向劳动行政部门投诉举报，或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。在申请仲裁时，需提供工作记录、考勤记录、工资条等证据以证明自己的工作情况和应得工资。
诉讼：
- 对仲裁结果不满意时，可在规定时间内向人民法院提起诉讼，通过司法途径维护权益。
四、实际案例与启示
- 案例一：某员工因学历造假被公司发现后，公司拒绝支付其工资。员工通过劳动仲裁，最终获得了应得的工资报酬。仲裁委认为，尽管员工学历造假，但其已实际为公司提供了劳动，公司应支付相应工资。
- 案例二：另一员工因学历造假给公司造成了重大经济损失，公司依据相关规定从其工资中扣除了赔偿金额。但扣除部分未超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不低于当地月最低工资标准。
这些案例表明，学历造假虽属不当行为，但不影响劳动者对已付出劳动获得报酬的权利。然而，劳动者也需承担因其不当行为可能带来的法律后果，如赔偿经济损失或支付违约金。
五、建议与总结
对于员工：
- 求职时应如实提供学历信息，避免造假行为带来的法律风险。
- 如已发生学历造假，应积极与公司沟通，寻求妥善解决方案。
对于公司：
- 在招聘过程中应加强学历审核，避免潜在的法律风险。
- 如发现员工学历造假，应依法处理，不得无故克扣或拖欠工资。
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