结论：公司收取保证金后，法人将保证金退至个人账户是否合法，需根据具体情况判断，主要涉及资金性质、公司财务制度及法律规定等多个方面。以下从不同角度进行分析：
一、资金性质与用途
保证金性质：
- 如果保证金是公司因业务需要（如合同履行、质量保证等）向客户或合作伙伴收取的，那么这笔资金应属于公司资产，应纳入公司财务管理。
- 法人作为公司代表，无权擅自将公司资产转移至个人账户，除非符合公司财务制度或法律规定。
资金用途：
- 若保证金需退还，应按照公司财务流程，通过公司账户进行退还，以确保资金流动的透明性和合法性。
- 法人将保证金退至个人账户，可能涉嫌挪用公司资金或违反公司财务制度。
二、公司财务制度
公司规定：
- 公司应建立完善的财务制度，明确资金收付流程、审批权限等。
- 如果公司财务制度明确规定保证金应通过公司账户退还，那么法人将保证金退至个人账户即违反公司规定。
内部审批：
- 即使法人认为有合理理由将保证金退至个人账户，也应经过公司内部审批流程，获得相关授权。
- 未经审批擅自退还，可能构成对公司财务制度的违反。
三、法律规定
挪用资金罪：
- 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，挪用本单位资金归个人使用或者借贷给他人，数额较大、超过三个月未还的，或者虽未超过三个月，但数额较大、进行营利活动的，或者进行非法活动的，构成挪用资金罪。
- 如果法人将保证金退至个人账户，且符合上述情形，可能涉嫌挪用资金罪。
职务侵占罪：
- 如果法人将保证金退至个人账户，并意图将这笔资金据为己有，可能构成职务侵占罪。
- 职务侵占罪是指公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。
四、建议与后果
建议：
- 公司应建立完善的财务制度，明确资金收付流程，防止类似情况发生。
- 法人应严格遵守公司财务制度和法律规定，不得擅自将公司资产转移至个人账户。
- 如果确实需要退还保证金至个人账户，应经过公司内部审批流程，并确保符合法律规定。
后果：
- 如果法人擅自将保证金退至个人账户，可能面临公司内部的纪律处分，如警告、罚款、解雇等。
- 如果行为构成犯罪，还可能面临刑事处罚，如有期徒刑、罚金等。
总结：公司收取保证金后，法人将保证金退至个人账户是否合法，需根据资金性质、公司财务制度及法律规定综合判断。在大多数情况下，这种行为可能涉嫌违反公司财务制度或法律规定，甚至构成犯罪。因此，建议公司建立完善的财务制度，法人严格遵守相关规定，以确保公司资产的合法性和安全性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。