结论：工资已经按没有全勤计算后，公司又额外扣除全勤的情况，可能涉及公司规章制度的不合理或违法操作，也可能与员工对全勤扣除规则的理解与公司实际执行存在偏差有关。以下从几个角度进行分析：

1. 公司规章制度的角度：

   • 规章制度内容：首先，需要查看公司的规章制度中关于全勤奖励和扣除的具体规定。如果规章制度中明确规定了全勤的计算方式和扣除条件，且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照规章制度执行是合法的。
   • 规章制度合法性：然而，如果公司的规章制度存在不合理之处，比如对全勤的扣除过于苛刻，或者没有明确告知员工全勤扣除的具体规则，导致员工在不知情的情况下被扣除全勤，那么这种规章制度可能因侵犯员工权益而被视为无效。

2. 员工理解与公司执行的角度：

   • 员工理解：员工可能认为，既然工资已经按照没有全勤的情况进行了计算，就不应该再额外扣除全勤。这种理解可能基于员工对全勤扣除规则的片面或错误理解。
   • 公司执行：公司可能认为，工资的计算和全勤的扣除是两个独立的过程。工资计算可能只是基于员工的基本工资和出勤天数，而全勤扣除则是根据公司的额外奖励或惩罚机制进行的。因此，即使工资已经按照没有全勤的情况计算，公司仍然有权根据规章制度扣除全勤。

3. 法律建议：

   • 核实规章制度：建议员工首先核实公司的规章制度，了解全勤奖励和扣除的具体规定。
   • 与公司沟通：如果员工认为公司的扣除行为不合理或违法，可以与公司进行沟通，要求公司解释扣除全勤的具体原因和依据。
   • 寻求法律援助：如果沟通无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，或者寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。

4. 可能的法律后果：

   • 公司违法：如果公司的规章制度违反了法律法规的强制性规定，或者公司没有按照规章制度执行，导致员工权益受损，公司可能面临劳动监察部门的处罚，并需要承担相应的赔偿责任。
   • 员工维权：员工通过法律途径维权成功后，可以获得被扣除的全勤工资以及可能的赔偿金。

举例说明：假设某公司的规章制度规定，员工每月全勤可获得500元奖励，但如果员工迟到或早退超过一定次数，将扣除当月全勤奖励。如果员工在某月因迟到被扣除了全勤奖励，但公司在计算工资时已经按照没有全勤的情况进行了计算，之后又额外扣除了500元全勤奖励，那么这种做法就可能存在问题。因为工资计算时已经考虑了全勤因素，额外扣除全勤奖励就构成了对员工权益的侵犯。

总结与进一步思考：在处理此类问题时，关键在于核实公司的规章制度是否合法合理，并明确工资计算和全勤扣除的具体规则。如果员工对公司的扣除行为有异议，应及时与公司沟通并寻求法律援助。同时，公司也应完善规章制度，确保员工的合法权益得到保障。如果你有进一步的疑问或需要具体的法律帮助，可以直接向我咨询。