甲方以偷工减料为由拒付工程款，这一行为是否合法，不能一概而论，需要分情况讨论：
若甲方有充分证据证明乙方确实存在偷工减料行为，且该行为违反了合同约定或相关法律法规：
- 在这种情况下，甲方有权依据合同条款或法律规定，要求乙方承担违约责任，包括但不限于修复工程、赔偿损失等。如果偷工减料行为严重到影响工程质量或安全，甲方甚至有权解除合同，并拒绝支付相应的工程款。但需要注意的是，甲方在拒付工程款时，应当确保其拒付的金额与乙方因偷工减料所造成的损失相当，且应当遵循法律规定的程序，如通知乙方、给予乙方合理的申辩机会等。
若甲方无法提供充分证据证明乙方存在偷工减料行为，或者其拒付工程款的理由与合同约定或相关法律法规不符：
- 在这种情况下，甲方拒付工程款的行为可能构成违约。乙方有权依据合同条款或法律规定，要求甲方支付拖欠的工程款，并可能要求甲方承担违约责任，如支付违约金、赔偿损失等。如果双方无法协商解决，乙方可以通过法律途径，如提起诉讼或申请仲裁，来维护自己的合法权益。
法律背景与建议：
- 法律背景：在建设工程合同中，双方应当明确约定工程的质量标准、验收程序、付款方式等关键条款。如果一方违反合同约定，另一方有权要求其承担违约责任。同时，相关法律法规也对建设工程的质量、安全等方面做出了明确规定，违反这些规定将可能面临法律责任。
- 建议：对于乙方而言，应当严格遵守合同约定和相关法律法规，确保工程质量符合标准。如果甲方提出偷工减料的指控，乙方应当积极配合调查，提供必要的证据来证明自己的清白。对于甲方而言，在拒付工程款前，应当确保有充分的证据支持其主张，并遵循法律规定的程序。如果双方存在争议，建议通过协商、调解或法律途径来解决，以避免不必要的法律纠纷。
可能法律后果：
- 如果甲方无合法依据拒付工程款，乙方有权要求甲方支付拖欠的工程款及可能的违约金、赔偿金等。同时，甲方还可能面临因违约而导致的信誉损失、商业机会丧失等间接后果。
- 如果乙方确实存在偷工减料行为，且该行为导致工程质量问题或安全事故，乙方将可能面临法律责任，包括但不限于修复工程、赔偿损失、接受行政处罚等。
总结与进一步思考：
在处理建设工程合同纠纷时，双方应当注重证据的收集和保存，以便在争议发生时能够提供有力的支持。同时，双方也应当积极寻求协商、调解等和平解决争议的方式，以降低解决争议的成本和风险。如果你在处理此类纠纷时遇到任何问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。