工厂使用扫描仪扫描员工码本身并不违法，但具体是否合法需结合扫描的目的、方式以及是否侵犯员工合法权益等因素综合判断。以下从不同角度为你详细分析：
合法使用场景：
- 考勤管理：工厂为了管理员工的出勤情况，使用扫描仪扫描员工的工作证或员工码，以记录员工的上下班时间。这种使用方式通常被认为是合法的，因为它是为了维护工厂的正常运营秩序，且没有侵犯员工的隐私权或其他合法权益。
- 门禁管理：工厂为了保障安全，设置门禁系统，员工需通过扫描员工码进入工厂区域。这种使用方式也是合法的，因为它有助于防止未经授权的人员进入工厂，保护工厂的财产安全。
可能违法的场景：
- 侵犯隐私权：如果工厂扫描员工码的目的并非为了管理或安全，而是为了收集员工的个人信息，如行踪轨迹、消费习惯等，且未经员工同意，那么这种行为可能构成对员工隐私权的侵犯。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，自然人的个人信息受法律保护，任何组织或者个人不得非法收集、使用、加工、传输他人个人信息。
- 非法监视：如果工厂通过扫描员工码的方式，对员工进行持续的、无差别的监视，且这种监视超出了合理的管理范围，那么这种行为可能构成对员工人身自由的侵犯。虽然工厂有权对员工进行管理，但这种管理应当是合理的、必要的，且不得侵犯员工的合法权益。
法律建议：
- 工厂方面：在使用扫描仪扫描员工码时，应当明确告知员工扫描的目的、方式以及可能涉及的个人信息处理情况，并取得员工的同意。同时，工厂应当确保扫描行为不会侵犯员工的隐私权或其他合法权益，避免因此引发法律纠纷。
- 员工方面：如果员工认为工厂的扫描行为侵犯了自己的合法权益，如隐私权、人身自由等，可以向工厂提出异议，并要求工厂停止侵权行为。如果工厂不予理会，员工可以向劳动监察部门投诉，或者通过法律途径维护自己的合法权益。
总结来说，工厂使用扫描仪扫描员工码本身并不违法，但关键在于扫描的目的、方式以及是否侵犯员工合法权益。如果工厂能够合理、合法地使用扫描仪，并尊重员工的合法权益，那么这种行为就是合法的。如果有任何疑问或担忧，建议直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。