结论前置：进厂身体扫描是否违法需分情况讨论，具体处理方式取决于扫描的性质、目的及是否侵犯员工合法权益。以下是详细分析：

1. 若身体扫描属于安全检查范畴且合理必要
   根据《安全生产法》及《企业事业单位内部治安保卫条例》，企业为保障生产安全、防止危险物品进入工作场所，可对员工进行必要的安全检查（如金属探测、行李检查等）。此类扫描若符合以下条件则合法：

   • 目的正当性：仅用于防范安全隐患（如易燃易爆品、管制刀具等）；
     
   • 范围合理性：不涉及隐私部位或身体内部（如X光、CT等医学扫描）；
     
   • 程序合规性：提前告知员工检查规则，且检查方式公开透明。
     处理建议：员工应配合检查，但可要求企业出示相关安全管理制度依据。

2. 若身体扫描侵犯员工隐私权或人格尊严
   若扫描涉及以下情形，则可能违法：

   • 过度侵入性：如要求员工脱衣检查、使用内窥镜等医学手段；
     
   • 目的非法：以检查为名收集员工健康数据（如基因信息、疾病史）用于歧视性管理；
     
   • 未征得同意：未提前告知扫描目的、范围或未获得员工书面同意。
     法律依据：
     
   • 《民法典》第1032条：自然人享有隐私权，任何组织或个人不得以刺探、侵扰、泄露、公开等方式侵害他人隐私；
     
   • 《劳动合同法》第8条：用人单位招用劳动者时，不得扣押劳动者证件或要求提供担保，不得以其他名义收取财物（隐含对人格权的保护）。
     处理建议：
     
   • 协商解决：向企业人力资源部门提出异议，要求停止侵权行为；
     
   • 投诉举报：向当地劳动监察大队或工会反映情况；
     
   • 法律途径：若造成严重后果（如名誉损害、健康受损），可起诉企业侵犯隐私权或人格权，要求赔偿。

3. 特殊情形：职业健康检查的合法性
   若扫描属于《职业病防治法》规定的职业健康检查（如接触粉尘、辐射岗位的定期体检），则合法且必要。但需满足：

   • 由专业机构实施；
     
   • 检查项目与岗位风险相关；
     
   • 结果保密且仅用于职业病防治。
     处理建议：员工应配合，但可要求企业提供检查报告副本。

总结：进厂身体扫描的合法性取决于目的、范围和程序。若企业以安全名义实施合理检查，员工需配合；若涉嫌侵权，可通过协商、投诉或诉讼维权。如有具体案例，可进一步向我描述细节，我会为您分析法律风险及应对策略。