用人单位对劳动部门确认的停工留薪期认定不服的，可以通过申请行政复议或提起行政诉讼的方式维护自身权益。具体分析如下：

1. 申请行政复议
   根据《行政复议法》相关规定，用人单位若认为劳动部门作出的停工留薪期认定存在程序违法、事实认定错误或法律适用不当等情形，可在收到认定书之日起60日内向上一级劳动行政部门或同级人民政府申请行政复议。复议机关将重新审查认定合法性，并作出维持、撤销或变更等决定。

2. 提起行政诉讼
   若用人单位对行政复议结果仍不服，或选择直接跳过复议程序（法律允许的例外情形除外），可在收到复议决定书之日起15日内，或自知道劳动部门认定行为之日起6个月内，向有管辖权的人民法院提起行政诉讼。法院将通过司法审查程序，对劳动部门认定的合法性进行全面审查，并作出判决。

实务建议：

• 证据收集：用人单位需在申请复议或诉讼前，全面收集与停工留薪期相关的证据，如医疗诊断证明、工伤认定书、劳动合同、工资发放记录等，以证明劳动部门认定存在错误。
  
• 程序合规：严格遵守复议或诉讼的时效规定，避免因逾期而丧失救济权利。同时，在申请材料中明确陈述不服的具体理由及法律依据，提高救济成功率。
  
• 专业协助：鉴于行政复议与诉讼涉及复杂的法律程序及实体问题，建议用人单位委托专业律师代理，以确保权益得到充分维护。

风险提示：
若用人单位未在法定期限内申请复议或提起诉讼，劳动部门的停工留薪期认定将产生法律效力，用人单位需按认定结果履行相关义务，否则可能面临行政处罚或强制执行风险。

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