结论：在仲裁时被申请人未提时效抗辩，进入诉讼阶段后，被申请人原则上不能再以超过仲裁时效为由进行抗辩，但存在一些特殊情况及补救思路，以下为你详细阐述。

仲裁时效抗辩在仲裁与诉讼阶段的一般规则

根据相关法律规定，仲裁时效是当事人向劳动争议仲裁委员会提出仲裁申请的法定期间，一般为一年。在仲裁阶段，如果被申请人没有提出时效抗辩，仲裁委员会通常会对案件的实体内容进行审理并作出裁决。进入诉讼阶段后，按照“不告不理”以及相关司法解释的精神，被申请人原则上不能再以超过仲裁时效为由进行抗辩，法院一般也不会主动审查仲裁时效问题。这是因为仲裁和诉讼是具有连贯性的争议解决程序，时效抗辩应在仲裁阶段及时提出，若未提出可视为其放弃该抗辩权利。

特殊情况及补救思路

1. 发现新证据证明时效中断或中止
   • 情况说明：如果在诉讼阶段，被申请人发现了新的证据，能够证明在仲裁时效期间内存在时效中断或中止的法定事由。例如，有证据表明劳动者在时效期间内曾向被申请人主张过权利（如书面催告记录、证人证言等），导致时效中断重新计算；或者存在不可抗力等导致时效中止的情形。
   • 补救措施：被申请人可以在诉讼中向法院提交这些新证据，主张仲裁时效并未超过。法院会根据新证据的情况，审查是否存在时效中断或中止的法定情形，进而判断劳动者的请求是否受时效限制。不过，被申请人需要承担举证责任，证明这些事由的真实性和合法性。
2. 法院依职权审查的特殊情形
   • 情况说明：虽然一般情况下法院不主动审查仲裁时效，但在某些特殊情况下，法院可能会依职权进行审查。比如，案件涉及重大公共利益、社会影响较大，或者劳动者的请求明显缺乏事实和法律依据，存在滥用权利的嫌疑等。
   • 补救措施：对于被申请人而言，在这种情况下可以积极配合法院的审查工作，向法院说明仲裁阶段未提时效抗辩的原因，并强调案件存在依职权审查时效的特殊情形。同时，提供相关材料辅助法院进行判断，争取让法院认定仲裁时效已过，从而驳回劳动者的诉讼请求。
3. 与劳动者协商解决
   • 情况说明：如果被申请人意识到在诉讼中可能难以通过时效问题进行有效抗辩，或者考虑到诉讼成本、时间成本等因素，也可以考虑与劳动者进行协商解决。通过协商达成和解协议，双方可以在协议中对二倍工资的支付金额、支付方式等进行约定。
   • 补救措施：在协商过程中，被申请人可以充分利用劳动者可能存在的顾虑，如诉讼的不确定性、时间成本等，争取在和解协议中达成对自身较为有利的条款。例如，适当降低二倍工资的支付金额、延长支付期限等。和解协议达成后，双方可以共同向法院申请确认和解协议的效力，法院审查后会出具调解书，该调解书具有强制执行力。

在处理这类问题时，情况往往比较复杂，如果你还有其他疑问或需要进一步的帮助，可以直接向我咨询。