工资一半打卡一半现金的支付方式，其本身并不直接构成违法，但其合法性取决于具体操作是否符合税务、社保及劳动法等相关规定。以下是对此问题的详细分析：
一、合法合规的情况
企业管理与员工需求：
- 企业可能因管理需要或员工特殊需求（如无银行卡、银行卡使用受限等），在履行了纳税申报、社保缴纳等法定义务后，采取部分现金支付的方式。这种方式既满足了企业的灵活管理，也照顾到了员工的实际需求。
法定货币支付：
- 无论是银行卡支付还是现金支付，均属于按法定货币支付工资，不违反法律规定。关键在于确保所有支付的工资都如实入账，并依法纳税。
二、存在违法风险的情况
税务问题：
- 逃税风险：若企业利用现金支付部分隐瞒实际收入，少申报、少缴纳税款，则构成偷税漏税行为，将面临税务部门的处罚。例如，企业可能通过现金发放部分工资而不申报纳税，以减少员工的应纳税所得额，从而达到少缴个人所得税的目的。
- 凭证缺失：现金支付若无完善签收记录等凭证，可能导致税务检查时无法证明费用的真实性和合理性，进而引发税务调整和处罚。
社保问题：
- 缴费基数不实：社保缴费基数应基于员工工资总额确定。若企业仅按打卡部分计算社保缴费基数，低于实际工资水平，则违反了《社会保险法》规定，可能面临社保部门的追缴和处罚。
劳动纠纷风险：
- 支付证据问题：在劳动纠纷中，现金支付部分若缺乏有效证明，可能给员工带来证明工资实际发放金额的困难，影响合法权益维护。同时，企业也可能因缺乏完善记录而在劳动争议中处于不利地位。
三、建议与注意事项
企业应确保合规：
- 企业应依法履行纳税义务，完善财务和税务管理，确保所有支付的工资都如实入账并依法纳税。
- 建议企业采用更加透明、规范的支付方式，减少法律风险和纠纷的发生。在特殊情况下需采取部分现金支付时，应确保有完善的签收记录和凭证，以应对可能的税务检查和劳动争议。
员工应关注自身权益：
- 员工应关注自己的个税缴纳情况，确保个人税务合规，避免不必要的法律风险。
- 若发现企业存在违法支付工资的行为，员工有权向相关部门投诉或寻求法律援助。
总结来说，工资一半打卡一半现金的支付方式并非绝对违法，但其合法性取决于企业是否遵守了税务、社保及劳动法等相关规定。为了确保合规并降低法律风险，建议企业采取更加透明、规范的支付方式，并保留完善的支付记录和凭证。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。