请假扣加班工时是否合理，需根据具体情况细致分析，但通常情况下，这种做法并不合理且可能不合法。以下从多个角度为你详细分析：
一、加班费的性质与法律规定
加班费是劳动者在规定工作时间之外提供劳动所获得的额外报酬，它属于劳动者的劳动报酬的一部分。根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，用人单位在安排劳动者延长工作时间、休息日工作且不能安排补休，以及法定休假日工作时，应当按照相应标准支付高于正常工作时间的工资报酬。这是法律对劳动者加班权益的明确保障，意味着加班费是劳动者应得的，与请假行为无直接关联。
二、请假与加班费的关系及一般原则
请假是劳动者因个人原因暂时离开工作岗位的行为，它本身并不影响劳动者之前已经付出的加班劳动。原则上，用人单位不能因为劳动者请假而扣除其应得的加班费。这是因为加班费是劳动者额外劳动的报酬，与请假行为无关，所以，从一般法律原则出发，请假扣加班工时是不合理的，也可能不合法。
三、特殊情况下请假扣加班工时的合法性分析
尽管原则上请假扣加班工时是不合理的，但在某些特殊情况下，如果双方有明确的约定，或者用人单位的规章制度有相关规定，并且这些约定或规定符合法律法规的要求（如经过民主程序制定、向劳动者公示或告知等），那么请假扣加班工时可能在一定程度上被认定为合理或合法。具体情形包括：
符合规章制度且经过民主程序制定：若公司的规章制度明确规定请假可以抵扣加班工时，并且该制度已经过民主程序制定并向劳动者公示或告知，那么在符合规定的情况下，这种扣除可能是合理的，但也可能因具体条款内容而面临合法性挑战。
与劳动者有事先约定：如果用人单位与劳动者在劳动合同或其他书面协议中事先约定了请假可以扣加班工时的情形，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么按照约定执行也可能是合理的，但同样需要确保约定的合法性和公平性。
四、不合法情况及其法律后果
在以下情况下，请假扣加班工时将被认定为不合法：
规章制度违法或未经法定程序制定：如果用人单位的规章制度本身存在违法条款，或者规章制度的制定没有经过民主程序，也没有向劳动者公示或告知，那么依据这样的规章制度扣除加班工时是不合法的。
扣除行为显失公平或不合理：用人单位随意扣除劳动者的加班工时来抵请假时间，或者扣除的比例明显不合理，对劳动者显失公平，这种扣除行为也是不合法的。
违反劳动法律法规的其他情形：如果扣除加班工时导致劳动者的工资待遇低于法定标准，或者影响了劳动者依法享有的其他权益，那么这种扣除行为同样是不合法的。
对于不合法的请假扣加班工时行为，劳动者有权向劳动行政部门投诉，要求用人单位支付被扣除的加班费，并可能获得相应的赔偿。同时，用人单位还可能面临劳动行政部门的警告、责令改正等法律后果。
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