结论：工资3000元但社保申报按5000元缴纳，这种做法不合法，存在法律风险。

具体分析：

1. 社保缴费基数应与实际工资一致
   根据《社会保险法》及《社会保险费征缴暂行条例》，社保缴费基数应按照职工上年度月平均工资性收入确定（新入职员工按首月工资）。若实际工资为3000元，社保缴费基数应以此为准，不得随意虚报或降低。

2. 虚报缴费基数的法律后果

   • 对单位：可能面临社保部门补缴差额、滞纳金（每日万分之五）及罚款（欠缴数额1-3倍）的处罚（《社会保险法》第86条）。
     
   • 对个人：虽短期可能因“多缴”看似受益，但长期影响社保待遇（如养老金、医保报销比例等），且可能涉及税务风险（若单位通过虚报基数逃避个税）。

3. 例外情形需合法合规
   若单位与员工协商一致，且符合当地政策（如部分地区允许按最低基数缴纳），需满足：

   • 书面协议明确约定；
     
   • 不得低于当地社保最低缴费基数（如某地最低基数为4000元，则3000元仍不合法）；
     
   • 不得损害员工合法权益（如影响工伤赔偿、生育津贴等）。

建议：

• 对员工：若发现单位虚报基数，可向当地社保局举报（12333热线），要求核查并补缴差额。
  
• 对单位：应立即调整申报基数至实际工资水平，避免法律风险；若需降低成本，可通过合法途径（如申请缓缴、调整用工结构）解决。

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。