结论：同一法人下多家公司，由其中一家公司收取款项代替其他几家公司给员工发工资，这一行为是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
合法情形
存在合法委托关系：
- 如果其他几家公司与负责发放工资的公司之间存在明确的、合法的委托关系，即其他几家公司委托该家公司代为发放员工工资，并且这一委托关系已经以书面形式（如委托协议）明确下来，同时该委托行为不违反法律法规的强制性规定，那么这种代发工资的行为是合法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于委托合同的相关规定，委托人可以特别委托受托人处理一项或者数项事务，也可以概括委托受托人处理一切事务。在此情况下，代发工资作为一项事务，可以被委托处理。
集团内部资金调配：
- 如果这些公司属于同一集团或存在紧密的关联关系，且集团内部有完善的财务管理制度和资金调配机制，代发工资的行为是作为集团内部资金调配的一部分，且符合相关税收、财务等法律法规的规定，那么这种行为也是合法的。
- 实际操作建议：在此情况下，建议集团内部制定明确的资金调配和工资发放制度，并确保所有相关公司都遵守这些制度，同时保留好相关的财务记录和凭证。
违法情形
逃避税收或社保义务：
- 如果代发工资的行为是为了逃避税收或社保义务，例如通过代发工资来降低应纳税额或减少社保缴费基数，那么这种行为是违法的。
- 法律后果：根据《中华人民共和国税收征收管理法》和《中华人民共和国社会保险法》的相关规定，逃避税收或社保义务将面临罚款、滞纳金等法律责任，甚至可能构成犯罪。
未履行代扣代缴义务：
- 如果负责代发工资的公司未按照法律规定履行代扣代缴个人所得税的义务，那么这种行为也是违法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国个人所得税法》的规定，支付所得的单位或者个人为个人所得税的扣缴义务人，应当按照国家规定办理全员全额扣缴申报。
侵犯员工权益：
- 如果代发工资的行为导致员工无法及时、足额地收到工资，或者侵犯了员工的其他合法权益（如工资条的提供、工资支付的透明度等），那么这种行为也是违法的。
- 法律后果：根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按时足额支付劳动者的工资，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。违反这一规定的，将面临劳动行政部门的处罚，并可能需要向员工支付赔偿金。
建议：为了避免法律风险，建议各公司在实施代发工资行为时，务必确保存在合法的委托关系、遵守相关税收和社保法律法规、履行代扣代缴义务，并保障员工的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律指导，可以直接向我咨询。