结论：公司在员工不知情的情况下扣发工资，这一行为通常是不合法的，员工有权要求公司补发工资并可能获得相应的赔偿。以下从多个角度进行详细分析：
一、法律背景
根据《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，公司扣发工资必须基于合法、合理的理由，并且需要事先告知员工，获得员工的同意或理解。在员工不知情的情况下扣发工资，显然违反了这一规定。
二、公司扣发工资的可能原因及合法性分析
合法扣发：
- 如果公司因员工违反规章制度、造成经济损失等原因需要扣发工资，必须确保这些规章制度已经过民主程序制定并公示，且扣发工资的数额和方式符合法律法规的规定。
- 即便如此，公司也应当事先告知员工扣发工资的原因和数额，并获得员工的确认或同意。
非法扣发：
- 在员工不知情的情况下扣发工资，无论原因如何，都构成非法扣发。
- 非法扣发工资可能涉及侵犯员工的劳动权益，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求公司补发工资并可能获得赔偿。
三、员工的应对措施
与公司沟通：
- 员工首先应当与公司进行沟通，了解扣发工资的具体原因和依据。
- 如果公司无法提供合法、合理的解释，员工可以明确表示反对并要求公司立即补发工资。
向劳动监察部门投诉：
- 如果公司拒绝补发工资或无法给出合理解释，员工可以向当地的劳动监察部门投诉。
- 劳动监察部门将会对公司进行调查，并根据调查结果作出相应的处理。
提起劳动仲裁：
- 如果投诉未能解决问题，员工还可以向劳动仲裁委员会提起劳动仲裁。
- 劳动仲裁委员会将会根据双方提供的证据和法律法规进行裁决，员工有权获得应得的工资和可能的赔偿。
四、可能的法律后果
公司补发工资：
- 如果公司被认定非法扣发工资，最直接的法律后果就是需要补发工资给员工。
支付赔偿金：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，公司非法扣发工资还可能需要向员工支付赔偿金。
- 赔偿金的数额通常根据扣发工资的数额和持续时间等因素来确定。
行政处罚：
- 如果公司的行为违反了劳动法律法规，劳动监察部门还可能对公司进行行政处罚，如罚款、责令改正等。
建议：作为员工，在面对公司非法扣发工资的情况时，应当保持冷静，通过合法途径维护自己的权益。如果公司拒绝沟通或解决问题，及时向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁是有效的解决方式。同时，也建议员工在日常工作中注意保留相关证据，如工资条、考勤记录等，以便在需要时提供证明。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。