即使员工没有打卡记录且未签合同，但只要工资是由个人或公司发放（有转账记录等可证明），劳动者依然可以申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。以下是对此问题的详细分析：
一、证明劳动关系的关键证据
在申请劳动仲裁时，证明与用人单位之间存在劳动关系是至关重要的。以下是可以作为证明劳动关系的有效证据：
工资支付记录：
- 银行工资流水明细，显示工资发放时间、金额及发放方账户（无论是公司账户还是个人账户，只要能证明是工资发放即可）。
- 工资条（如有），包含公司名称、员工姓名、工资构成等信息。
工作相关文件和记录：
- 工作成果，如报告、图纸、设计方案等，体现公司名称或项目名称。
- 工作安排和沟通记录，包括邮件、短信、微信聊天记录等，反映工作内容和进度。
- 业务往来记录，如合同、协议、快递单等，证明代表公司从事业务活动。
公司发放的物品和证件：
- 工作证、门禁卡，带有公司名称和员工信息。
- 工作服、工作帽，带有公司标志或名称。
- 员工手册、培训资料，显示公司信息和员工规范。
社保缴纳记录（如有）：
- 社保缴纳记录同样具有强有力的证明力，可以证明用人单位为劳动者缴纳了社会保险。
证人证言：
- 同事证言，证明工作情况、入职时间等。
- 客户或合作伙伴证言，证明业务往来事实。
二、申请劳动仲裁的流程
确定仲裁请求：
- 在申请劳动仲裁前，劳动者应明确自己的诉求，如要求用人单位支付未签订劳动合同的双倍工资差额、支付拖欠的工资、补缴社会保险或要求确认劳动关系等。
撰写仲裁申请书：
- 仲裁申请书应写明申请人与被申请人的基本信息、仲裁请求、事实与理由等内容。申请书应表述清晰、逻辑严密，并附上所有相关证据材料。
提交申请：
- 劳动者应向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请书及相关证据材料。仲裁委员会在收到申请后会进行审查，并在一定时间内决定是否受理。
仲裁审理：
- 如果仲裁委员会受理了申请，会安排开庭审理。在审理过程中，劳动者需要提供充分的证据来支持自己的主张，并积极参与庭审过程。
等待仲裁裁决结果：
- 仲裁庭会根据双方提供的证据和庭审情况进行审理，并在一定期限内作出仲裁裁决。如果对仲裁裁决结果不满意，可以在规定的期限内向人民法院提起诉讼。
三、注意事项
仲裁时效：
- 劳动者应在劳动争议发生之日起一年内提出仲裁申请，以免错过法定时效。
证据的真实性和完整性：
- 提供的证据必须真实、完整，不得伪造或篡改，否则将承担法律责任。
积极配合仲裁庭：
- 在仲裁过程中，劳动者应积极配合仲裁庭的工作，如实陈述事实，提供证据，以确保仲裁的顺利进行。
四、可能的法律后果
- 如果劳动者能够提供充分的证据证明与用人单位之间存在劳动关系，且用人单位存在违法行为（如未签订劳动合同、拖欠工资等），则劳动者有可能获得相应的赔偿或补偿。
- 如果劳动者无法提供足够的证据证明劳动关系存在，或者用人单位能够提供相反的证据证明劳动关系不存在或劳动者存在过错，则劳动者可能面临败诉的风险。
综上所述，即使没有打卡记录且未签合同，但只要有工资支付记录等其他证据证明劳动关系存在，劳动者依然可以申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在整个过程中，劳动者应保持冷静、理性，遵循法定程序，积极寻求法律援助和支持。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。