结论：公司以您有案底为由，在您刚进厂两天就辞退您，这一行为是否合法，需分情况讨论。

1. 若公司规章制度明确规定有案底者不得录用，且该规定合法有效：

   • 分析：如果公司在招聘时已经明确告知了这一录用条件，并且该条件不违反法律法规的强制性规定，同时您在入职时也已知悉并同意，那么公司基于这一规定辞退您，可能被视为合法解除劳动合同。但需要注意的是，即使如此，公司也应当支付您实际工作期间的工资，并可能需要按照法律规定支付一定的经济补偿（如果符合支付经济补偿的情形）。
   • 建议：您可以查阅公司的规章制度，确认是否有关于有案底者不得录用的明确规定，以及该规定是否在您入职时已向您告知。

2. 若公司规章制度未明确规定有案底者不得录用，或该规定违法：

   • 分析：如果公司没有明确的规章制度规定有案底者不得录用，或者该规定违反了法律法规的强制性规定（如歧视性规定），那么公司以您有案底为由辞退您，就可能构成违法解除劳动合同。根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位违法解除劳动合同的，应当向劳动者支付赔偿金，赔偿金的标准是经济补偿标准的二倍。
   • 经济补偿计算（若构成违法解除）：
     • 经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
     • 由于您刚进厂两天，工作年限不满六个月，因此经济补偿为半个月工资。
     • 赔偿金则为经济补偿的二倍，即一个月工资。
   • 建议：您可以先与公司协商，要求公司支付赔偿金。如果协商不成，您可以向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，维护自己的合法权益。

3. 关于案底对劳动合同的影响：

   • 分析：案底本身并不直接导致劳动合同的无效或解除。除非法律法规有明确规定，或者公司规章制度有合法有效的相关规定，并且您在入职时已知悉并同意，否则公司不能仅凭您有案底就辞退您。
   • 建议：您可以了解相关法律法规和公司规章制度，确认自己的案底是否构成公司辞退您的合法理由。

进一步行动建议：

• 首先，与公司进行沟通，了解公司辞退您的具体原因和依据。
• 其次，查阅公司的规章制度和相关法律法规，确认公司的行为是否合法。
• 最后，如果公司的行为违法，您可以与公司协商解决，或者向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，维护自己的合法权益。

温馨提示：劳动争议问题往往涉及复杂的法律关系和证据收集，如果您在处理过程中遇到困难或不确定如何操作，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。