公司以有案底为由不与员工转正是不合法的。下面我从几个方面来详细解释这个问题：

1. 法律原则：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位在招聘、录用、转正等过程中，应当遵循公平、公正、平等竞争的原则，不得因劳动者过去的犯罪记录（即“案底”）而歧视或拒绝录用，除非该犯罪记录与应聘岗位有直接的关联性且符合法律规定可以拒绝录用的情形。

2. 转正条件：

   • 员工的转正通常基于其试用期内的工作表现、能力、态度等因素，以及是否满足公司规定的转正条件。有案底并不应直接成为影响员工转正的合法理由，除非该案底与员工的工作性质或岗位职责有严重冲突。

3. 歧视与平等就业：

   • 用人单位不得因员工有案底而对其进行歧视，这是违反平等就业原则的行为。员工有权利享受平等的就业机会，包括转正的机会。

4. 建议与措施：

   • 如果你遭遇了公司以有案底为由拒绝转正的情况，你可以首先与公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通，了解拒绝的具体原因，并尝试解释你的案底与当前工作无直接关联。
   • 如果沟通无果，你可以考虑向当地的劳动监察部门或劳动仲裁机构申请援助，维护自己的合法权益。

综上所述，公司以有案底为由不与员工转正是不合法的。如果你遇到了这种情况，可以积极采取措施维护自己的权益。如果你需要进一步的法律咨询或帮助，请随时向我提问。