公司被起诉后重新出具扣减工程量结算单是否违法，不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
若重新出具结算单是基于真实、合理的工程量扣减，且程序合法：
- 在这种情况下，公司重新出具扣减工程量的结算单，可能是对之前结算单的修正或补充，旨在更准确地反映实际工程量。只要这种扣减是基于真实的工程量变化，且经过了合法的程序（如双方协商、第三方审计等），那么这种行为并不违法。
- 法律背景：根据《中华人民共和国民法典》中关于合同变更和履行的相关规定，合同双方有权在协商一致的基础上对合同内容进行变更。如果工程量确实发生了变化，且双方同意对结算单进行相应调整，那么这种调整是合法的。
若重新出具结算单是为了逃避法律责任或损害对方利益：
- 如果公司在被起诉后，为了减少支付工程款或逃避其他法律责任，而单方面、无合理依据地重新出具扣减工程量的结算单，这种行为可能构成违法。它可能违反了诚实信用原则，损害了对方的合法权益，甚至可能构成欺诈或恶意串通损害国家、集体或第三人利益。
- 法律后果：根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，如果公司的行为被认定为违法，那么重新出具的结算单可能被认定为无效，公司仍需按照原结算单或根据实际工程量支付工程款。此外，公司还可能面临民事赔偿、行政处罚甚至刑事责任等法律后果。
程序合法性的考量：
- 除了实体上的合法性外，重新出具结算单的程序也必须合法。这包括但不限于双方协商一致、签署书面协议、进行必要的审计或评估等。如果程序不合法，即使结算单的内容本身没有问题，也可能因为程序瑕疵而被认定为无效。
建议：
- 如果公司确实需要重新出具扣减工程量的结算单，建议先与对方进行充分沟通，说明扣减的原因和依据，并尽量达成一致意见。
- 在重新出具结算单前，可以考虑聘请专业的审计机构或评估机构对工程量进行审计或评估，以确保结算单的准确性和合法性。
- 如果双方无法达成一致意见，或者对方对重新出具的结算单提出异议，建议及时咨询专业律师，通过法律途径解决争议。
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