结论：和中介签的合同中约定“没干满三个月扣除最后一个月工时三个工时”这一条款是否合法，需结合具体情况判断，若该条款违反法律法规强制性规定或显失公平，则可能被认定为无效。以下从不同角度详细分析：
一、合同条款合法性分析
违反法律法规强制性规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，用人单位（包括中介）与劳动者约定的劳动报酬、工作时间等条款，不得违反法律法规的强制性规定。若“扣除工时”实质上等同于克扣工资，且该扣除行为没有合法依据（如劳动者存在严重违纪、给用人单位造成损失等情形），则该条款可能因违反法律法规强制性规定而被认定为无效。
显失公平：
- 合同条款应当遵循公平原则确定各方的权利和义务。若“没干满三个月扣除最后一个月工时三个工时”的条款，对劳动者而言显失公平（如扣除的工时对应的工资远高于劳动者可能给中介造成的损失），则该条款可能因显失公平而被撤销或认定为无效。
二、实际操作中的合法性判断
查看合同具体内容：
- 首先，需要仔细审查合同中的具体条款，包括扣除工时的具体条件、扣除的工时数量、扣除的工资计算方式等。若合同条款表述模糊、不明确，或者存在歧义，可能不利于中介方主张该条款的合法性。
考虑劳动者权益保护：
- 在判断合同条款合法性时，应充分考虑劳动者的权益保护。若该条款对劳动者权益造成较大影响，且没有合理的补偿或替代方案，则可能被认定为不合法。
参考类似案例和司法实践：
- 可以参考类似案例和司法实践中的判决结果，以了解法院对类似条款合法性的认定标准。这有助于更准确地判断当前合同条款的合法性。
三、建议与措施
与中介协商：
- 若认为合同条款不合法或不合理，可以首先尝试与中介进行协商，寻求修改或删除该条款的可能性。
寻求法律援助：
- 若协商无果，可以寻求法律援助或咨询专业律师，以了解自己的权益和可能的法律途径。
向劳动监察部门投诉：
- 若认为中介的行为违反了劳动法律法规，可以向当地劳动监察部门投诉，寻求行政部门的帮助和支持。
最后，合同条款的合法性需结合具体情况判断。若您认为该条款不合法或不合理，建议及时采取措施维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。