结论前置：中介公司规定干不满三个月扣工资的做法，一般是不合法的。以下从不同角度为你详细分析：
法律角度
根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，无论劳动者在用人单位工作多长时间，只要提供了劳动，就有权获得相应的工资报酬。中介公司作为用人单位，同样需要遵守这一规定。
如果中介公司在劳动合同中约定了“干不满三个月扣工资”的条款，这一条款很可能因为违反了法律的强制性规定而被认定为无效。因为法律明确规定了工资支付的义务和禁止克扣工资的原则，任何与此相悖的约定都是不合法的。
实际操作角度
在实际操作中，如果中介公司真的以“干不满三个月”为由扣除了劳动者的工资，劳动者可以通过以下途径来维护自己的合法权益：
与中介公司协商：首先，劳动者可以尝试与中介公司进行协商，要求其支付被扣除的工资。在协商过程中，劳动者可以明确指出中介公司的做法违反了法律规定，并要求其立即改正。
向劳动监察部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行调查和处理，并可以要求用人单位支付被扣除的工资以及可能的赔偿金。
申请劳动仲裁或提起诉讼：如果劳动监察部门的处理结果不能满足劳动者的要求，劳动者还可以选择申请劳动仲裁或提起诉讼。在劳动仲裁或诉讼过程中，劳动者需要提供相关证据来证明中介公司的违法行为以及自己的损失情况。
特殊情况说明
虽然一般情况下“干不满三个月扣工资”是不合法的，但也存在一些特殊情况。例如，如果劳动者在入职时与中介公司签订了培训协议，并约定了服务期和违约金等条款，那么在服务期内离职的劳动者可能需要按照协议约定支付一定的违约金。但这种情况下的违约金支付与工资扣除是两个不同的概念，且违约金的支付也需要符合法律的规定和限制。
建议：如果你遇到了中介公司以“干不满三个月”为由扣除工资的情况，建议你首先与中介公司进行协商，要求其支付被扣除的工资。如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。如果你需要进一步的法律帮助或者咨询，可以直接向我提问，我会尽我所能为你提供专业的法律意见和支持。