二审程序违法，确实可以作为申请再审的理由。这一结论基于我国法律对诉讼程序公正性的严格要求，以及对当事人合法权益的切实保障。以下从多个角度对此问题进行详细分析：
一、程序违法的定义与影响
程序违法是指司法机关或诉讼参与人在诉讼过程中违反了法律规定的程序规则。这种违法可能包括但不限于未依法保障当事人的诉讼权利（如听证权、辩护权等）、未按照法定程序进行证据收集、审查或认定，以及审判组织的组成或审判程序的进行不符合法律规定等情形。程序违法不仅严重损害当事人的合法权益，更破坏了诉讼的公正性和法律的权威性。
二、程序违法作为再审事由的法律依据
刑事诉讼中的规定：
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百五十三条的规定，如果违反法律规定的诉讼程序，且这种违法可能影响公正审判的，人民法院应当重新审判。这一条款明确将程序违法作为再审的重要事由之一，体现了法律对程序公正的严格要求和保障。
民事诉讼与行政诉讼中的类似规定：
- 在民事诉讼和行政诉讼中，虽然具体条款可能有所不同，但同样存在将程序违法作为再审事由的规定。例如，在民事诉讼中，如果原判决、裁定存在严重违反法定程序的情形，如审判组织的组成不合法、应当回避的审判人员未回避、剥夺当事人辩论权利等，第二审人民法院可以裁定撤销原判决，发回原审人民法院重审。
三、二审程序违法后的再审申请
申请再审的条件：
- 当事人认为二审程序违法，且该违法可能影响案件公正审判的，可以向上一级人民法院申请再审。申请再审时，需要提供充分的证据材料支持再审申请，如二审庭审记录、相关法律文书等，以证明二审程序确实存在违法情形。
再审申请的处理：
- 人民法院在收到再审申请后，将进行审查。如果认为再审申请符合法定条件，且程序违法可能影响案件公正审判的，将裁定再审；如果认为再审申请不符合法定条件，或者程序违法不影响案件公正审判的，将裁定驳回再审申请。
再审程序的具体进行：
- 如果人民法院裁定再审，将按照再审程序进行审理。在再审过程中，人民法院将重点审查二审程序是否违法，以及该违法是否影响了案件的公正审判。如果确认二审程序违法且影响了案件公正审判的，将依法改判或者发回重审。
四、申请再审的注意事项
提出再审申请的时限：
- 当事人申请再审的时限必须符合法律规定。一般来说，当事人应当在判决、裁定发生法律效力后六个月内提出再审申请。但特定情形下，如发现新的证据、原判决裁定适用法律确有错误等，可能不受此时间限制。
提供充分的证据材料：
- 当事人在申请再审时，需要提供充分的证据材料支持再审申请。这些证据材料应当能够证明二审程序确实存在违法情形，以及该违法可能影响了案件的公正审判。
遵循法定的申请流程和格式要求：
- 当事人在申请再审时，需要遵循法定的申请流程和格式要求。例如，需要提交再审申请书、相关证据材料等，并按照规定的格式和要求进行填写和整理。
举例说明：
假设在一起刑事案件中，二审法院在审理过程中未依法保障被告人的辩护权，导致被告人无法充分行使辩护权利。被告人认为这一程序违法可能影响了案件的公正审判，因此向上一级人民法院申请再审。在再审过程中，人民法院经审查确认二审程序确实存在违法情形，且该违法影响了案件的公正审判。因此，人民法院依法改判或者发回重审。
总结与建议：
二审程序违法确实可以作为申请再审的理由。当事人在认为二审程序违法时，应当及时向上一级人民法院申请再审，并提供充分的证据材料支持再审申请。同时，当事人也应当了解相关法律规定和申请流程，确保再审申请的合法性和有效性。如果你在此过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。