在涉外合同中，双方约定由外国仲裁机构仲裁的条款，在符合我国法律相关规定且不存在无效情形时，是有效的。以下从多个角度对此进行详细分析：
有效情形
法律依据与意思自治原则：
- 根据我国《仲裁法》及相关司法解释，当事人在涉外合同中可以自主约定将争议提交外国仲裁机构仲裁，这充分体现了意思自治原则。虽然《中华人民共和国仲裁法》第七十二条并未直接规定涉外合同可约定外国仲裁机构的效力问题，但它规定了涉外仲裁委员会作出的发生法律效力的仲裁裁决的承认和执行程序，这从侧面体现了我国法律对涉外仲裁（包括外国仲裁机构仲裁）的认可态度。
有效仲裁协议的要素：
- 有效的涉外仲裁协议应明确包括仲裁事项、仲裁地点和仲裁机构、仲裁程序以及裁决的效力等内容。只要这些要素在仲裁协议中明确且合法，且不违反我国法律的强制性规定，该仲裁协议即为有效。例如，一家中国公司与一家美国公司在国际货物买卖合同中约定，若发生争议，将提交位于瑞士的国际仲裁机构进行仲裁。这种约定在双方真实意思表示且不违反法律强制性规定的情况下，是有效的。
无效情形
违反法律强制性规定：
- 如果约定的外国仲裁事项属于我国法律明确规定不得提交外国仲裁机构仲裁的范畴，如涉及国家特定行业的关键技术、国家安全等特殊领域，则该仲裁条款无效。
损害国家主权、安全和社会公共利益：
- 若仲裁条款的约定可能导致国家主权受损、危害国家安全或违背社会公共利益，如涉及国家重大基础设施建设项目的争议，该条款将被认定无效。
其他法定无效情形：
- 包括当事人无民事行为能力、仲裁协议不是当事人真实意思表示（如受欺诈、胁迫订立）、仲裁事项超出法律规定的仲裁范围、仲裁协议对关键内容没有约定或约定不明确且不能达成补充协议等。例如，一方通过欺诈手段诱使另一方签订包含外国仲裁条款的合同，受欺诈方可以主张该仲裁条款无效。
综合判断与建议
- 在涉外合同中约定由外国仲裁机构仲裁时，应仔细审查仲裁协议的具体内容，确保其符合相关法律法规的要求。特别是要关注仲裁事项的可仲裁性、仲裁协议的真实意思表示以及是否选定了明确的仲裁机构等关键要素。
- 当事人应充分了解并考虑可能存在的无效情形，以避免因仲裁条款的无效而影响争议的解决。在签订合同前，建议对仲裁条款进行法律审查，确保其合法性和有效性。
- 若对仲裁条款的效力或执行存在疑问，或遇到复杂情况，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供准确的法律意见和指导。
法律依据：
- 《中华人民共和国仲裁法》第七十二条：涉外仲裁委员会作出的发生法律效力的仲裁裁决，当事人请求执行的，如果被执行人或者其财产不在中华人民共和国领域内，应当由当事人直接向有管辖权的外国法院申请承认和执行。这一条款间接体现了我国法律对涉外仲裁（包括外国仲裁机构仲裁）的认可态度。