公司应支付的报销款适用仲裁时效。以下是对此问题的详细分析：

法律背景

根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。这一规定同样适用于公司应支付的报销款争议，因为报销款争议本质上属于劳动争议的一种。

报销款与仲裁时效的关系

1. 报销款的性质：报销款是员工因工作需要而产生的费用，公司应当按照约定或规定予以支付。当公司未按时支付报销款时，员工有权要求公司支付，并可以就此争议申请劳动仲裁。

2. 仲裁时效的适用：由于报销款争议属于劳动争议范畴，因此适用《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》中关于仲裁时效的规定。员工应当在知道或应当知道其报销款权利被侵害之日起一年内申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

特殊情况下的仲裁时效

1. 劳动关系存续期间：如果员工与公司之间的劳动关系仍然存续，且员工一直在向公司主张报销款权利，那么仲裁时效可能会因为员工的持续主张而中断或重新计算。但具体是否中断或重新计算，需要根据实际情况和法律规定进行判断。

2. 劳动关系终止后：如果员工与公司之间的劳动关系已经终止，那么员工应当在劳动关系终止之日起一年内申请劳动仲裁，以主张其报销款权利。超过这一期限的，仲裁机构可能不予受理。

法律建议

1. 及时主张权利：员工在发现公司未按时支付报销款时，应当及时与公司沟通并主张自己的权利。如果沟通无果，应当尽快申请劳动仲裁，以避免超过仲裁时效期限。

2. 保留证据：员工在主张报销款权利时，应当保留好相关证据，如报销单、发票、公司未支付报销款的证明等。这些证据将有助于员工在劳动仲裁中证明自己的主张。

3. 咨询专业律师：如果员工对报销款争议或仲裁时效问题存在疑问，可以直接向我咨询。我将根据具体情况为员工提供专业的法律建议和帮助。

可能的法律后果

如果员工未能在仲裁时效期限内申请劳动仲裁，那么其报销款权利可能无法得到法律保护。仲裁机构可能会以超过仲裁时效期限为由不予受理员工的仲裁申请，导致员工无法获得应有的报销款。因此，员工应当重视仲裁时效问题，及时主张自己的权利。