确认劳动关系的争议确实适用仲裁时效限制，但具体适用情况需根据不同情形来判断。以下是对这一问题的详细解析：
一、基本仲裁时效规定
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。这意味着，如果劳动者认为其与用人单位之间的劳动关系存在争议，且认为自身权利因此受到侵害，那么劳动者应在这一权利被侵害之日起一年内提出仲裁申请。
二、特殊情况下的仲裁时效
持续劳动关系：
- 如果劳动关系一直持续存在，那么对于确认劳动关系的仲裁申请，一般不受一年仲裁时效的限制。因为在此情况下，劳动者的权利处于持续被侵害状态，所以仲裁时效的计算会相应延长。
拖欠劳动报酬：
- 劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受一年时效期间的限制。但一旦劳动关系终止，劳动者应自终止之日起一年内提出相关仲裁申请。不过，这一特殊规定仅适用于拖欠劳动报酬的争议，对于单纯确认劳动关系的争议并不适用。
仲裁时效的中断：
- 若劳动者向用人单位主张权利、向有关部门请求救济或用人单位同意履行义务等，仲裁时效会中断，并从中断时起重新计算一年。例如，劳动者向用人单位书面要求确认劳动关系，此时仲裁时效中断，从用人单位收到书面请求时起，仲裁时效重新开始计算一年。
仲裁时效的中止：
- 因不可抗力或有其他正当理由导致无法在时效期内申请仲裁的，时效中止。从中止原因消除之日起，继续计算时效。例如，劳动者因突发重大疾病住院治疗等正当理由，导致无法在仲裁时效内申请仲裁，此时仲裁时效中止，待劳动者康复后，剩余的仲裁时效期限将继续计算。
三、实际应用建议
及时行使权利：
- 劳动者应密切关注仲裁时效规定，确保在法定期限内提出仲裁申请。如果错过仲裁时效，可能会面临无法维护自身合法权益的风险。
收集保存证据：
- 劳动者应及时收集、保存与劳动关系确认相关的证据材料，如劳动合同、工资单、工作证等。这些证据在仲裁过程中将起到关键作用，有助于证明劳动者的主张。
咨询专业律师：
- 如果劳动者对仲裁时效或劳动关系确认问题存在疑问，可以直接向我咨询。我会根据具体情况提供专业的法律建议和指导，帮助劳动者有效维护自身合法权益。
综上所述，确认劳动关系的争议确实适用仲裁时效限制，但存在多种特殊情形影响时效的计算。劳动者在处理相关事务时，应充分了解并遵循时效规定，以确保自身权益得到及时、有效的维护。