结论：私企请假三天是否扣休息日，需根据请假性质、公司规章制度及法律法规综合判断，一般情况下，合法合理的请假不应直接扣除休息日，但若请假违反公司规定或法律法规，公司可能有权进行相应处理。以下从不同角度详细分析：
一、请假性质与休息日的关系
事假：
- 事假通常指员工因个人原因需要暂时离开工作岗位，且这种离开并非由工作本身或公司安排引起。
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，事假期间公司一般不支付工资，但不应直接扣除员工的休息日。休息日是员工的法定权益，除非员工同意或公司规章制度有明确规定（且该规定不违反法律法规），否则公司无权单方面扣除。
病假：
- 病假是员工因疾病或非因工负伤需要暂停工作接受治疗时享有的假期。
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工在医疗期内享有病假工资或疾病救济费，且医疗期内的休息日应计入医疗期，不应被扣除。
年假、婚假、产假等法定假期：
- 这些假期是员工依法享有的，公司不得扣除员工的休息日，且应按照法律法规支付相应的工资或津贴。
二、公司规章制度的影响
- 公司有权根据自身情况制定规章制度，包括请假制度。但这些制度必须符合法律法规的规定，且不得侵犯员工的合法权益。
- 如果公司规章制度中明确规定了请假三天将扣除休息日，且该规定不违反法律法规，那么员工在请假时需遵守该规定。但员工有权对不合理的规定提出异议，并通过合法途径维护自己的权益。
三、法律法规的约束
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三十八条，用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。这是劳动者的基本休息权益，公司不得随意剥夺。
- 如果公司因员工请假而扣除休息日，导致员工每周休息时间少于一日，那么公司的行为可能违反法律法规，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
四、建议与措施
员工方面：
- 在请假前，应仔细阅读公司规章制度，了解请假的相关规定。
- 如果对公司的规定有疑问或异议，应及时与公司沟通或咨询专业律师。
- 保留好请假的相关证据，如请假条、医疗证明等，以备不时之需。
公司方面：
- 制定规章制度时，应确保符合法律法规的规定，不得侵犯员工的合法权益。
- 在处理员工请假问题时，应公平、公正、合理，避免引起不必要的纠纷。
- 如果员工对公司的处理有异议，应积极与员工沟通，寻求妥善解决方案。
总结来说，私企请假三天是否扣休息日，需根据具体情况综合判断。员工在请假前应了解公司规章制度和法律法规的相关规定，以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。