结论：请假三天扣社保一般不合法，但需分情况讨论。以下是具体分析：

1. 社保缴纳的强制性
   根据《社会保险法》第五十八条，用人单位必须自用工之日起30日内为员工办理社保登记，并按时足额缴纳社保费用。社保缴纳是法定义务，与员工是否请假无关。即使员工请假（包括病假、事假等），只要劳动关系存续，用人单位就不得以“请假”为由暂停或扣减社保缴纳。

2. 请假与工资的关系
   若员工请假导致当月出勤天数减少，用人单位可能根据规章制度或劳动合同约定扣减工资（如事假通常无薪），但社保缴费基数不受影响。例如：

• 员工月薪1万元，社保缴费基数为1万元，即使请假3天扣减工资1000元，社保仍需按1万元基数缴纳；
  
• 若用人单位擅自将社保基数调整为扣除请假后的工资（如9000元），则属于违法行为。

1. 例外情形：劳动关系解除
   若员工请假后，用人单位以“旷工”等理由解除劳动合同，则劳动关系终止，社保可停缴。但解除劳动关系需符合法定程序（如提前通知、支付经济补偿等），否则可能构成违法解除，员工可主张赔偿。

建议：

• 若用人单位以“请假”为由扣减社保，员工可要求其出示书面依据，并核对社保缴费记录；
  
• 若发现违法操作，可向当地社保部门投诉（如12333热线），或申请劳动仲裁维护权益。
  

如有其他细节需进一步分析（如请假类型、单位规章制度等），可直接向我咨询。