结论：事业单位按照档案工资扣保险却按旧标准发工资的行为，可能存在不合法性，具体需结合实际情况判断。以下从不同角度进行分析：

1. 从工资支付与社保缴纳的对应关系来看
   根据《社会保险法》及《社会保险费征缴暂行条例》，用人单位应当按照职工实际工资总额申报并缴纳社会保险费。若事业单位以“档案工资”（即职工应发工资标准）作为社保缴费基数，但实际发放工资时却按旧标准（低于档案工资）支付，则可能存在以下问题：

   • 社保缴费基数不实：若旧标准低于职工实际工资，可能导致社保缴费基数低于法定标准，损害职工未来社保权益（如养老金、医保待遇等）。
     
   • 工资支付违法：根据《劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或无故拖欠。若事业单位未足额支付工资（即实际发放低于档案工资），可能构成违法。

2. 从事业单位工资管理规定来看
   事业单位工资调整通常需遵循国家或地方政策（如岗位工资、薪级工资调整文件）。若单位已调整档案工资（如通过晋升、普调等方式），但未同步调整实发工资，可能违反以下规定：

   • 工资调整程序违法：事业单位工资调整需经主管部门审批或备案，若单位未履行程序即扣发工资，可能涉嫌违规。
     
   • 合同约定冲突：若劳动合同或单位规章制度明确约定“工资按档案标准发放”，而单位擅自降低实发工资，可能构成违约。

3. 从例外情形来看
   若存在以下情况，单位行为可能具有合法性：

   • 职工同意：若职工书面同意单位暂按旧标准发放工资（如因单位资金周转困难），且单位承诺补发差额，可能不构成违法。
     
   • 政策过渡期：若工资调整政策明确规定“新旧标准并行一段时间”（如某地区文件允许3个月过渡期），单位行为可能符合规定。
     
   • 扣发合法项目：若单位从档案工资中扣除了法定代扣项目（如个税、社保个人部分、住房公积金等），但实发工资仍低于档案工资的，需区分扣发项目是否合法。

建议行动：

1. 核实工资构成：要求单位提供工资条，明确档案工资与实发工资的差额部分去向（如是否被扣为社保、个税或其他费用）。
   
2. 查询政策依据：向单位人事部门或主管部门咨询工资调整的政策文件，确认单位是否履行了法定程序。
   
3. 协商或投诉：若单位行为违法，可先与单位协商补发工资；协商无果的，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
   

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