在建设工程挂靠协议中没有价格清单的情况下，确定单价可以从以下几个角度进行分析和处理：

1. 依据行业惯例或市场价格确定单价
   如果挂靠协议中没有明确约定单价，但涉及的建设工程属于有成熟市场和行业惯例的领域，可以参考该地区、该类型工程的市场价格或行业惯例来确定单价。这种情况下，双方可以共同委托第三方机构（如造价咨询公司）进行市场询价，以确定合理的单价。

2. 通过补充协议明确单价
   如果双方对单价存在争议，可以协商签订补充协议，明确具体的单价或计价方式。补充协议是原挂靠协议的延伸，具有同等法律效力，能够有效解决因价格清单缺失导致的争议。

3. 依据实际成本加合理利润确定单价
   如果市场价格或行业惯例无法适用，可以依据实际发生的成本（如材料费、人工费、机械费等）加上合理的利润来确定单价。这种情况下，需要双方对实际成本进行核算，并就利润比例达成一致。

4. 通过司法鉴定或仲裁确定单价
   如果双方无法协商一致，且争议较大，可以申请司法鉴定或通过仲裁、诉讼等方式解决。法院或仲裁机构会根据合同约定、实际履行情况、行业惯例等因素，综合判断并确定合理的单价。

5. 参考类似项目的单价
   如果双方曾合作过类似项目，且该项目中有明确的单价约定，可以参考类似项目的单价作为确定当前项目单价的依据。但需要注意，类似项目的单价应与当前项目在规模、难度、市场环境等方面具有可比性。

建议：
为避免类似争议，建议在签订挂靠协议时，明确约定单价或计价方式，并附上详细的价格清单。如果协议已签订但未约定单价，应尽快通过补充协议或其他方式明确单价，以减少后续纠纷的风险。

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