结论：在车主有个人营业执照且车辆挂靠在运输公司的情况下，雇佣的司机与运输公司之间通常不被直接认定为劳动关系，而是更倾向于与车主（挂靠人）之间形成雇佣关系。但在特定情境下，如司机伤亡事故的处理中，可能会依据相关法律规定和司法解释，认定为与挂靠单位之间存在事实劳动关系。

分析说明：

1. 劳动关系的认定标准：

   • 劳动关系是指劳动者与用人单位依法签订劳动合同，在双方之间产生的法律关系，其特点包括用人单位对劳动者的劳动管理、规章制度的适用、劳动报酬的支付以及劳动者提供的劳动是用人单位业务的组成部分。
   • 在车主挂靠运输公司的情境中，司机的工作内容、工资发放以及日常管理往往由实际车主（挂靠人）负责，司机与运输公司之间没有建立劳动关系的合意，也缺乏经济、人身与组织的从属性。

2. 挂靠关系的法律性质：

   • 车辆挂靠是指个人（通常是车主）出资购买车辆，但为了满足某些行业或运营要求，将车辆登记在某个具有运输经营权资质的单位名下，以该单位的名义进行运营。
   • 在这种关系中，挂靠人（实际车主）自主经营、自负盈亏，被挂靠单位（运输公司）通常不参与车辆的日常运营和管理。

3. 司机与运输公司的关系：

   • 一般情况：司机与运输公司之间通常不被认定为劳动关系。因为司机的工作安排、报酬支付等均与实际车主紧密相关，而与运输公司无直接联系。
   • 特定情境：根据最高人民法院行政审判庭的相关答复，在个人购买的车辆挂靠其他单位且以挂靠单位的名义对外经营的情况下，如果司机在车辆运营中发生伤亡事故，可能会依据该批复要求确认与挂靠单位之间存在事实劳动关系，并据此主张工伤赔偿。但这种情况下的“事实劳动关系”并非劳动法意义上的严格劳动关系，而是特定情境下的法律拟制，旨在保障司机的合法权益。

4. 司机与车主（挂靠人）的关系：

   • 车主作为实际的经营者，往往会直接对司机进行工作任务分配，如安排具体的运输任务、行驶路线等，司机需要听从车主的指挥完成工作任务。
   • 司机的报酬通常由车主直接支付，根据司机的工作表现和任务完成情况确定薪酬数额，并按照一定周期发放。这符合雇佣关系中雇主向雇员支付劳动报酬的特征。

法律建议：

• 对于车主（挂靠人）而言，应明确与司机之间的法律关系，签订书面雇佣合同或劳务合同，明确双方的权利义务，以避免潜在的劳动纠纷。
• 对于司机而言，应了解自己的法律地位，与车主或运输公司明确约定工作报酬、工作时间、工作条件等关键条款，并在发生纠纷时及时寻求法律援助。
• 在特定情境下，如司机发生伤亡事故，应积极收集证据，证明与挂靠单位之间存在事实劳动关系，以便主张工伤赔偿等合法权益。

总结：在车主有个人营业执照且车辆挂靠在运输公司的情境中，雇佣的司机与运输公司之间通常不被认定为劳动关系。但在特定情况下，如司机伤亡事故的处理中，可能会依据相关法律规定和司法解释认定为存在事实劳动关系。因此，在具体案件中需要结合实际情况进行综合审查，并依据劳动法律法规和司法解释来最终确定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。