结论前置：员工上厕所20分钟，用人单位一般不能随意扣钱，但具体是否扣钱以及扣钱的合理性需根据实际情况和相关规定来判断。以下从多个角度进行分析：
从劳动法的角度：
- 根据《劳动法》及相关规定，劳动者享有休息休假的权利，这包括工作期间的短暂休息，如上厕所等生理需求的时间。用人单位应当保障劳动者在工作期间的合理休息时间，不得随意剥夺或限制。
- 如果员工上厕所的时间属于合理的生理需求时间，且未超出正常范围（虽然“合理”和“正常范围”可能因具体情况而异，但20分钟通常不被认为是过度的时间），那么用人单位因此扣钱可能缺乏法律依据。
从公司规章制度的角度：
- 用人单位可以制定合理的规章制度来规范员工的行为，包括工作期间的休息时间。但是，这些规章制度必须合法、合理，且经过民主程序制定并公示或告知员工。
- 如果公司的规章制度中明确规定了上厕所的时间限制，并且该规定合法、合理，员工违反了这一规定，那么用人单位可能根据规章制度对员工进行一定的处理，包括扣钱。但即便如此，扣钱的金额和方式也应当合理，不能违反法律法规的强制性规定。
从实际操作的角度：
- 在实际操作中，用人单位应当考虑员工的实际需求和工作情况，合理设置上厕所的时间限制。如果员工因特殊情况（如身体不适、厕所距离较远等）需要更长时间的上厕所时间，用人单位应当给予理解和支持。
- 如果用人单位因为员工上厕所时间稍长就随意扣钱，可能会引发员工的不满和抵触情绪，甚至可能导致劳动纠纷。因此，用人单位在处理此类问题时应当谨慎、合理。
法律建议：
- 对于员工而言，如果认为用人单位因为上厕所时间而扣钱的行为不合理或违法，可以向用人单位提出异议，并要求用人单位提供扣钱的依据和合理性说明。如果用人单位无法提供合理的解释或依据，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
- 对于用人单位而言，应当制定合理、合法的规章制度来规范员工的行为，并在处理员工问题时保持谨慎和合理。如果确实需要因为员工违反规章制度而扣钱，应当确保扣钱的金额和方式合法、合理，并事先告知员工相关规章制度和扣钱的规定。
可能法律后果：
- 如果用人单位因为员工上厕所时间而随意扣钱，且该行为被认定为违法或不合理，那么用人单位可能需要承担相应的法律责任，包括支付被扣的工资、赔偿员工因此遭受的损失等。同时，用人单位还可能面临劳动监察部门的处罚和声誉损失等后果。