结论：包薪制下每月上班360个小时且合同约定加班费按最低工资标准计算，这种做法不合法。你可以通过劳动仲裁来维护自己的合法权益。
分析说明：
关于工作时间：
- 根据我国《劳动法》的规定，劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过44小时。如果因特殊原因需要延长工作时间，每日不得超过3小时，每月不得超过36小时。你提到的每月上班360个小时，显然远远超出了这个法定标准，这是不合法的。
关于加班费计算：
- 加班费应当按照劳动者正常工作时间工资的一定比例来计算，而不是简单地按照最低工资标准来计算。根据《劳动法》和相关规定，工作日加班的，加班费不低于工资的150%；休息日加班又不能安排补休的，加班费不低于工资的200%；法定节假日加班的，加班费不低于工资的300%。因此，合同中约定加班费按最低工资标准计算，也是不合法的。
关于劳动仲裁：
- 如果你认为自己的权益受到了侵害，可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。在申请劳动仲裁时，你需要准备相关的证据材料，如劳动合同、工资条、考勤记录等，以证明你的工作时间和加班情况。
- 劳动仲裁的流程一般包括：提交仲裁申请、仲裁委员会受理、开庭审理、调解或裁决等步骤。你需要按照仲裁委员会的要求参与仲裁过程，并积极配合提供证据和陈述事实。
行动建议：
收集证据：
- 尽快收集与工作时间、加班情况、工资支付等相关的证据材料，如劳动合同、工资条、考勤记录、加班通知等。这些证据将是你申请劳动仲裁时的重要依据。
咨询专业律师（此处即指我本人）：
- 在申请劳动仲裁前，你可以向我咨询相关法律问题，了解你的权益和可能的法律后果。我可以为你提供专业的法律意见和帮助，指导你如何准备仲裁申请和证据材料。
提交仲裁申请：
- 在准备好相关证据材料后，你可以向当地的劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请。在申请中，你需要详细陈述你的诉求和事实依据，并附上相关证据材料。
参与仲裁过程：
- 在仲裁过程中，你需要按照仲裁委员会的要求参与开庭审理、调解等步骤。你需要积极配合提供证据和陈述事实，以维护自己的合法权益。
后续思考：
- 在申请劳动仲裁后，你需要关注仲裁委员会的受理情况和开庭时间等信息。同时，你也可以考虑与用人单位进行协商和解，以尽快解决纠纷并恢复工作关系。
- 如果仲裁裁决结果对你不利或者你对裁决结果有异议，你还可以在法定期限内向人民法院提起诉讼，通过司法途径来维护自己的合法权益。
如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。