在涉及三方代理协议的情况下，发票的开具通常遵循以下原则和规定：

首先，我们需要明确的是，发票的开具责任一般归属于实际提供商品或服务的收款方。这是根据《中华人民共和国发票管理办法》中的相关规定，即销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，在对外发生经营业务并收取款项时，应当向付款方开具发票。

针对三方代理协议的具体情境，我们可以这样理解：

1. 如果代理方仅作为中介，不直接参与商品或服务的提供：

   • 在这种情况下，发票应由实际提供商品或服务的供应商开具给最终客户。
   • 代理方可以协助双方完成交易，但并不承担发票开具的责任。

2. 如果代理方直接参与商品或服务的提供，并收取款项：

   • 那么代理方就有责任向付款方（即客户）开具发票。
   • 这通常发生在代理方以自己的名义与客户进行交易，并承担了提供商品或服务的全部或部分责任时。

3. 特殊情况下的发票开具：

   • 根据《中华人民共和国发票管理办法实施细则》，存在某些特殊情况下，可以由付款方向收款方开具发票，如收购单位和扣缴义务人支付个人款项时，或国家税务总局认为其他需要由付款方向收款方开具发票的情况。
   • 但在三方代理协议中，这种情况相对较少见，除非协议中有特别约定，并符合相关税收法规的规定。

额外注意事项：

• 无论哪种情况，发票的开具都必须遵循税收法规的规定，包括发票的时限、顺序、栏目等要求，以及加盖发票专用章等。
• 如果涉及跨地区或跨境交易，还需要特别注意税收管辖和发票使用的相关规定。
• 在实际操作中，建议三方在协议中明确发票开具的责任方、开具方式、时间等具体细节，以避免后续纠纷。

综上所述，在三方代理协议中，发票的开具责任通常归属于实际提供商品或服务的收款方。但具体责任分配还需根据协议内容、交易实质以及相关税收法规进行综合判断。如有任何疑问或不确定之处，建议咨询专业税务顾问或律师以获取准确指导。