结论：在工伤认定书已经下来的情况下，住院治疗期间个人垫付的医药费单位不给，一般不可以直接申请支付令，但可以通过劳动仲裁或诉讼等途径来要求单位支付。
分析说明：
支付令的适用条件：
- 支付令是民事诉讼法中的一种督促程序，适用于债权人请求债务人给付金钱、有价证券，且债权人与债务人没有其他债务纠纷，支付令能够送达债务人的情况。
- 在工伤医药费垫付的情境中，虽然员工（债权人）对单位（债务人）有金钱给付请求权，但此类纠纷往往涉及劳动关系、工伤保险等复杂法律关系，且可能存在其他争议（如工伤认定、伤残等级鉴定等），因此通常不满足支付令的适用条件。
劳动仲裁或诉讼途径：
- 根据《劳动争议调解仲裁法》的规定，因工伤医疗费等发生的争议，属于劳动争议范畴，应当先向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 如果对仲裁裁决不服，还可以向人民法院提起诉讼。这是解决工伤医药费垫付纠纷的正规法律途径。
具体操作建议：
- 收集证据：包括工伤认定书、医疗费发票、垫付凭证等，以证明自己的主张。
- 申请劳动仲裁：向单位所在地的劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请，并附上相关证据材料。
- 参与仲裁程序：按照仲裁委员会的通知参与仲裁程序，包括开庭、答辩等。
- 提起诉讼：如果对仲裁裁决不服，可以在收到裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。
特殊场景：
- 如果单位明确承认欠付医药费，且没有其他争议，双方可以协商签订还款协议。在这种情况下，如果单位仍然不履行还款义务，员工可以考虑基于还款协议向人民法院申请支付令。但这种情况较为特殊，且需要满足支付令的严格适用条件。
行动建议：
- 鉴于工伤医药费垫付纠纷的复杂性和专业性，建议你及时咨询专业律师（即我，林佳庆律师），以便更准确地了解自己的权利和义务，以及更有效地维护自己的合法权益。
- 在咨询律师时，请提供完整的证据材料和相关情况说明，以便律师能够为你提供更具体的法律建议和操作方案。