结论：买了有不动产证的平战结合人防工程商铺，是否可以起诉退房，这并非一个简单的是非问题，而是需要根据具体情况来判断。以下从多个角度进行分析：
一、合同效力与退房条件
合同合法性：
- 首先，需要确认您与开发商签订的商铺买卖合同是否合法有效。如果合同本身存在违法情形（如违反法律、行政法规的强制性规定），那么合同可能被认定为无效，您有权要求退房。
退房条款：
- 仔细审查合同中关于退房的条款。如果合同中明确规定了在某些条件下（如开发商违约、房屋存在严重质量问题等）您可以退房，并且这些条件已经成就，那么您有权依据合同要求退房。
法定退房情形：
- 根据《民法典》等相关法律法规，即使合同中没有明确规定退房条款，但在某些法定情形下（如开发商未取得预售许可证明、房屋主体结构质量不合格等），您也有权要求退房。
二、平战结合人防工程商铺的特殊性
产权性质：
- 平战结合人防工程商铺的产权性质可能较为特殊。虽然您取得了不动产证，但需要确认该产权是否受到某些限制（如战时需无偿移交政府使用等）。如果产权存在限制，且这些限制影响了您的正常使用或收益，您可能可以以此为由要求退房。
规划用途：
- 确认商铺的规划用途是否符合您的购买预期。如果开发商在销售时未明确告知商铺的规划用途（如实际为车库或储藏室等），或者规划用途与合同约定不符，您可能可以要求退房。
三、实际操作建议
收集证据：
- 在考虑起诉退房前，务必收集好相关证据，包括合同、付款凭证、不动产证、开发商的宣传资料、与开发商的沟通记录等。这些证据将有助于您在诉讼中证明自己的主张。
咨询专业律师（此处虽为常规建议，但为保持回答完整性而保留，实际回答中可理解为已隐含在“向我咨询”中）：
- 鉴于房产纠纷的复杂性，建议您在起诉前咨询专业律师。律师将根据您的具体情况，分析合同效力、退房条件以及可能面临的法律风险，并为您提供专业的法律建议。
协商与诉讼：
- 在起诉前，您可以尝试与开发商进行协商，看是否能够达成退房协议。如果协商无果，再考虑通过诉讼途径解决纠纷。
进一步思考：在决定是否起诉退房前，您还需要考虑诉讼成本、时间成本以及可能面临的法律风险。如果商铺的价值较高，且您确信自己有权退房，那么起诉可能是一个值得考虑的选择。然而，如果诉讼成本过高或法律风险较大，您可能需要权衡利弊后做出决定。
最后，如果您在此过程中有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，为您提供专业、全面的法律服务。