劳动关系在分公司的员工，其工资可以由总公司支付，但这并非绝对，而是取决于公司的内部管理和财务安排。以下是对此问题的详细分析：

一、分公司具备独立用工主体资格的情况

1. 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第四条，分公司如果依法取得营业执照或者登记证书，那么它可以作为独立的用人单位，具备与劳动者签订劳动合同的资格。

2. 工资发放：在这种情况下，分公司通常具备相对独立的财务核算体系和管理权限，员工的工资可以由分公司直接发放。然而，这并不排除总公司基于整体财务安排、统一管理薪酬体系等原因，选择直接发放工资的可能性。只要总公司能够按时足额发放工资并依法履行其他用人单位义务，此模式即合法有效。

二、分公司不具备独立用工主体资格的情况

1. 法律依据：若分公司未依法取得营业执照或登记证书，则它不具备独立的用工主体资格。此时，分公司不能独立与劳动者签订劳动合同，而是需要受总公司的委托才能与劳动者订立劳动合同。

2. 工资发放：在这种情况下，尽管员工可能在分公司工作，但实际的用人单位是总公司。因此，员工的工资发放通常由总公司负责。总公司可以根据其内部管理和财务安排，决定是由总公司直接发放工资，还是委托分公司代为发放。

三、实际操作中的建议

1. 合同签订：员工在签订劳动合同时，应明确工资发放方、发放时间、发放方式等关键条款。这有助于确保自身权益得到保障，避免后续因工资发放问题产生纠纷。

2. 内部管理：公司应建立健全的内部管理制度和财务流程，确保工资发放的准确性和及时性。同时，公司应明确总公司和分公司之间的财务管理和责任划分，避免产生内部纠纷。

3. 法律维权：如果员工遇到工资拖欠或未按时发放的情况，可以首先尝试与公司协商解决；协商无果时，可以依法向当地劳动执法监察大队投诉或申请劳动仲裁等法律途径来维护自己的合法权益。

总结来说，劳动关系在分公司的员工，其工资可以由总公司支付，也可以由分公司支付，这主要取决于公司的内部管理和财务安排。但无论哪种情况，都应确保符合法律法规和公司内部管理制度的要求，并切实保障员工的合法权益。如果您在工资福利方面遇到任何问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。