招标代理公司收取代理费在符合法律法规且事先明确约定的情况下，是合法的。以下是对此问题的详细分析：
合法性依据
法律法规基础：
- 根据《中华人民共和国招标投标法》第十二条，招标人有权自行选择招标代理机构，并委托其办理招标事宜。这表明招标人与招标代理机构之间存在委托关系，招标代理机构有权依法收取代理费用，并按照委托合同的约定进行服务。这是招标代理服务费收取的基本法律依据，强调了合法、公平和透明原则。
政策调整与市场调节：
- 随着市场的发展，相关政策逐步放开了招标代理服务收费标准，由政府指导价改为市场调节价。这赋予了市场主体更多自主定价空间，但并未否定招标代理机构收取服务费的合法性。只要收费行为符合市场规律，且不违反法律法规的强制性规定，就是合法的。
支付主体与约定
常规做法：
- 在大多数情况下，招标代理服务费由招标人支付。因为招标人是招标活动的发起者和受益者，承担招标代理费用是合理的。
特别约定：
- 如果招标人、招标代理机构与投标人在招标文件中有特别约定，并达成一致意见，招标代理服务费也可以由中标人支付。但这种约定必须在招标文件中明确，以确保投标人充分了解并接受该条件。这是基于合同自由原则，只要双方自愿且不违反法律法规，就是有效的。
收费标准与合理性
收费标准：
- 招标代理服务费的收费标准通常根据项目的中标金额、服务内容复杂程度等因素确定。尽管政府不再直接设定具体收费标准，但市场主体可参考相关部门发布的指导意见或行业标准来协商确定。
合理性要求：
- 招标代理机构在确定服务费用时，应遵循诚信、公正的原则，确保费用合理且符合市场规律。过高的费用可能构成不正当竞争或损害招标人、投标人的利益。
风险与建议
风险：
- 如果招标代理费的承担方式不明确或存在争议，可能引发后续纠纷和风险，影响项目的顺利进行。例如，如果招标文件未明确费用承担方式，中标人可能拒绝支付，导致招标代理机构与中标人之间的纠纷。
建议：
- 招标人：在招标前，应明确费用承担方式，并在招标文件中清晰表述。这有助于避免后续产生不必要的纠纷，确保招标活动的顺利进行。
- 投标人：在参与投标时，应仔细审查招标文件中的相关条款，特别是关于招标代理费承担的部分。如有疑虑，应及时提出质疑或咨询专业律师（即我，高旭东律师，专注于合同纠纷、婚姻家庭领域）。
- 招标代理机构：应遵循诚信、公正的原则，合理确定服务费用，并确保费用承担方式明确、合理且符合法律法规要求。
实际操作中的注意事项
- 明确约定：无论是由招标人还是中标人承担招标代理费，都应在招标文件中明确约定，并确保约定清晰、无歧义。
- 合法合规：招标代理机构在收取费用时，应确保行为合法合规，不违反法律法规的强制性规定。
- 公平公正：在确定服务费用时，应充分考虑市场因素和项目实际情况，确保费用公平合理。
综上所述，招标代理公司收取代理费在符合法律法规且事先明确约定的情况下是合法的。为确保整个招标投标活动的合法性和公平性，建议各方遵循相关法律法规和行业惯例，明确费用承担方式，并在必要时咨询专业律师（即我，高旭东律师）以获取更具体的法律建议。