招标代理公司收取专家费是否合法，需分情况讨论：

1. 若专家费属于评标费用且符合规定标准
   根据《招标投标法》及《招标投标法实施条例》，评标委员会成员（包括专家）有权获得合理报酬，该费用通常由招标人承担。若招标代理公司受招标人委托代为支付专家费，且费用标准符合当地物价部门或行业规范（如《关于规范招标投标活动中专家评审费支付标准的通知》），则收取行为合法。例如，某省规定评标专家费按每小时200-500元计算，代理公司按此标准收取并开具发票，即属合规。

2. 若专家费被变相收取或超出合理范围

   • 变相收费：若代理公司以“专家咨询费”“评审服务费”等名义额外收取费用，且未实际用于支付专家报酬，可能涉嫌违规。例如，代理公司要求投标人承担专家费，或虚构专家名单套取费用，均违反《招标投标法》中“禁止转嫁费用”的原则。
     
   • 超标准收费：若费用明显高于当地规定标准（如每小时收取1000元），且无合理依据，可能被认定为不合理收费，招标人或投标人有权拒绝支付并投诉。

3. 合同约定优先
   若招标文件或代理合同中明确约定专家费由某方承担（如招标人委托代理公司代付），且费用标准透明，则按合同执行。但需注意，合同条款不得违反法律强制性规定（如强制投标人承担费用）。

法律建议：

• 对招标人：审核代理合同条款，明确专家费承担主体及标准；要求代理公司提供费用明细及支付凭证，避免违规支出。
  
• 对投标人：若发现代理公司违规收取费用，可向招标人提出异议，或向当地招投标监管部门举报（如住建部门、公共资源交易中心）。
  
• 对代理公司：应严格区分“代付”与“自收”行为，确保费用透明合规，避免因收费问题引发纠纷或行政处罚。

风险提示：
若代理公司违规收取专家费，可能面临行政处罚（如罚款、暂停业务资格），情节严重的可能涉及刑事犯罪（如诈骗）。建议各方在招投标活动中严格遵守法律规定，维护市场秩序。

如有进一步疑问或需具体案例分析，可直接向我咨询。