针对您提出的“甲方手续不全，已办理结算，是否可以起诉”的问题，这主要涉及到合同效力、结算协议的效力以及诉讼权利等法律问题。以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，合同效力与手续是否齐全并不完全等同。即使甲方在某些手续上存在不全的情况，但如果双方已经基于实际履行情况达成了结算协议，并且该结算协议是双方真实意思的表示，没有违反法律、行政法规的强制性规定，那么该结算协议通常是具有法律效力的。

接下来，我们分析结算协议的法律效力。结算协议是双方对合同履行过程中产生的债权债务关系进行确认和清理的协议。一旦结算协议达成并生效，它就成为了双方之间新的债权债务关系的依据。因此，即使甲方手续不全，但只要结算协议有效，乙方就有权依据结算协议向甲方主张权利。

再来看起诉的权利。如果甲方未按照结算协议履行支付义务，乙方作为债权人，当然有权向法院提起诉讼，要求甲方履行支付义务。在起诉时，乙方需要提供结算协议作为证据，以证明甲方确实存在未支付的债务。

然而，也需要注意到一些可能的法律风险和限制。例如，如果甲方手续不全的情况涉及到合同无效或可撤销的情形（如违反法律、行政法规的强制性规定，或者存在欺诈、胁迫等情形），那么结算协议的效力可能会受到影响。此外，如果结算协议中存在显失公平、重大误解等情形，乙方也可能需要承担一定的法律风险。但在您描述的情况下，并未提及这些特殊情形，因此我们可以初步认为结算协议是有效的。

具体操作建议：

1. 收集证据：乙方应收集并保存好与结算协议相关的所有证据，包括结算协议本身、双方之间的往来函件、支付记录等。
2. 咨询专业律师：在提起诉讼前，乙方最好咨询专业律师的意见，以评估案件的法律风险和胜诉可能性。
3. 提起诉讼：如果律师认为案件有胜诉可能，乙方可以向法院提起诉讼，要求甲方履行支付义务。

综上所述，即使甲方手续不全，但只要双方已经达成了有效的结算协议，并且甲方未按照结算协议履行支付义务，乙方就有权向法院提起诉讼要求甲方支付。当然，在具体操作过程中，乙方还需要注意收集证据、咨询专业律师等事项。