单位未经员工同意擅自调动部门，在大多数情况下是违法的，但具体还需根据劳动合同的内容以及调动的具体情况来判断。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、一般原则与法律依据
根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条的规定，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容，且变更劳动合同应当采用书面形式。这意味着，如果单位想要调动员工的岗位或部门，必须与员工协商并达成一致，且需要签订书面的变更协议。从法律原则上讲，单位未经员工同意擅自调动部门，改变了劳动合同中关于工作岗位的约定，属于单方面变更劳动合同的行为，通常会被认定为违法。
二、合法调动的情形
尽管一般情况下单位不能未经员工同意调动部门，但也存在一些特殊情况，使得单位的调动行为可能不被认定为违法：
劳动合同中有明确约定：如果劳动合同中明确规定了单位可以根据生产经营的需要调整员工的工作岗位或部门，并且这种调整符合法律法规的规定，那么单位在特定条件下可以进行调动。但即便如此，也需要确保调动是合理的，不会给员工带来不合理的负担，比如薪资待遇、工作地点等没有明显不利变化。
客观情况发生重大变化：如企业迁移、被兼并、企业资产转移等情况导致原劳动合同无法履行时，单位可以与员工协商变更劳动合同中的相关内容。如果双方未能就变更劳动合同内容达成协议，则单位可以在提前三十日以书面形式通知员工本人或者额外支付一个月工资后解除劳动合同。但这种情况下的调动也需遵循合理性原则，并尽量减少对员工的不利影响。
三、劳动者权益保护与应对措施
面对未经允许的调岗，劳动者可以采取以下措施来保护自己的权益：
沟通协商：首先尝试与单位进行沟通协商，要求恢复原岗位或寻求双方都能接受的解决方案。这是最直接且成本最低的方式。
法律途径：如果协商不成，劳动者可以向劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在申请劳动仲裁时，劳动者需要提供充分的证据来证明单位的调岗行为违反了劳动合同和法律规定，比如劳动合同、调岗通知、沟通记录等。
经济赔偿：如果单位因非法调岗而解除劳动合同，劳动者可以要求单位支付赔偿金。赔偿金的数额通常根据劳动者在单位的工作年限、工资水平等因素来确定。
四、总结与建议
综上所述，单位未经员工同意擅自调动部门是否违法，取决于劳动合同的具体内容以及调动的具体情况。建议劳动者在面对此类问题时，首先仔细审查劳动合同中的相关条款，了解自己的权益和义务；其次，与单位进行积极沟通协商，寻求合理解决方案；最后，如果协商不成，及时寻求法律途径维护自己的合法权益。同时，也建议用人单位在调动员工岗位或部门时，充分尊重员工的意愿和权益，遵循法律法规的规定，确保调动的合法性和合理性。
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