签订两年劳动合同的劳动者在两年后当然可以申请离职，这是您的基本权利，并且这一权利受到《中华人民共和国劳动合同法》的保护。以下是关于此问题的详细解答：
一、辞职的基本权利
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者享有解除劳动合同的权利，这一权利并不受合同期限的限制。也就是说，无论您签订的是两年、五年还是更长期的劳动合同，您都有权在合同期限内或期限届满后提出辞职。
二、辞职的方式及条件
与用人单位协商一致辞职：
- 您可以与用人单位就离职时间、工资结算、工作交接等事宜进行协商，并达成一致意见后办理离职手续。这种方式最为灵活，不受提前通知期限的限制。
劳动者提前通知辞职：
- 如果您希望按照法定程序辞职，那么在非试用期内，您需要提前三十日以书面形式通知用人单位；在试用期内，则需提前三日通知。这里的“书面形式”可以是纸质辞职信、电子邮件等可留痕的方式，以确保有证据证明您已履行了通知义务。
用人单位存在法定过错时辞职：
- 如果用人单位存在未提供劳动保护、未及时支付劳动报酬、未依法缴纳社会保险费等违法行为，或者以暴力、威胁或非法限制人身自由等手段强迫劳动，您有权随时解除劳动合同，且无需提前通知。
三、辞职流程与注意事项
提前书面申请：
- 按照上述规定的时间要求，向用人单位提交书面辞职申请，并保留好相关证据。
工作交接：
- 在离职前，您需要按照公司要求完成工作交接手续，包括归还公司财物、整理工作资料等。这是保障公司业务连续性和维护职业道德的重要步骤。
工资结算与经济补偿：
- 用人单位应在您离职时一次性结清所有工资报酬，包括加班费、奖金等。如果因用人单位存在违法行为导致您被迫辞职，您还有权主张经济补偿金。
违约责任考量：
- 如果合同中约定了服务期或竞业限制等特殊条款，您需要遵守相应规定。例如，如果您接受了专项培训并约定了服务期，那么在未满服务期离职时，可能需要按约定支付违约金。
出具离职证明与档案转移：
- 用人单位应依法为您出具解除或终止劳动合同的证明，并协助您办理档案和社会保险关系的转移手续。
四、总结与建议
签订两年劳动合同的劳动者在两年后申请离职是完全合法的。在辞职过程中，建议您遵循相关法律法规和劳动合同的约定，确保辞职过程的合法性和合规性。同时，也请注意辞职流程中的各项细节，如提前书面申请、工作交接、工资结算等，以保障自己的合法权益不受损害。如果您在辞职过程中遇到任何问题或纠纷，建议及时咨询专业律师或劳动仲裁机构以获取帮助。