药店关门本身并不直接等同于合法解决劳动关系，是否合法需视具体情况而定。以下从不同角度为你详细分析：
一、合法解除劳动关系的情形
如果药店因为经营不善、市场变化等原因需要关门，且符合《劳动合同法》中关于合法解除劳动合同的规定，那么药店关门可以视为合法解决劳动关系的一种方式。具体来说，药店需要满足以下条件：
提前通知：根据《劳动合同法》第四十条，药店因客观情况发生重大变化（如经营不善导致关门），致使劳动合同无法履行，且未能就变更劳动合同内容与劳动者达成协议的，药店应提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同。
支付经济补偿：根据《劳动合同法》第四十六条，药店因上述原因解除劳动合同的，应当向劳动者支付经济补偿。经济补偿的标准按照劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
办理离职手续：药店在解除劳动合同时，应为劳动者办理离职手续，包括出具解除劳动合同的证明、办理档案和社会保险关系转移手续等。
二、非法解除劳动关系的情形
如果药店在关门过程中，未按照上述法律规定进行操作，如未提前通知、未支付经济补偿或未办理离职手续等，那么药店的行为就可能构成非法解除劳动关系。在这种情况下，劳动者有权要求药店继续履行劳动合同或者支付赔偿金。赔偿金的标准是经济补偿标准的二倍。
三、特殊情况下的劳动关系处理
药店破产或清算：如果药店因破产或清算而关门，那么劳动关系的处理将受到《企业破产法》等相关法律的调整。在这种情况下，劳动者的工资、经济补偿等权益将优先于其他债权得到清偿。
劳动者存在过错：如果劳动者在药店关门过程中存在过错（如严重违反规章制度、失职等），药店有权根据《劳动合同法》的相关规定解除劳动合同，且无需支付经济补偿。但药店需要承担举证责任，证明劳动者的过错行为。
四、建议与提醒
保留证据：无论是药店还是劳动者，在劳动关系处理过程中都应保留好相关证据，如劳动合同、工资单、解除劳动合同的证明等。这些证据在后续的法律纠纷中可能起到关键作用。
协商解决：在药店关门过程中，双方应尽量通过协商解决劳动关系问题。协商不仅可以减少法律纠纷的成本和时间，还可以维护双方的和谐关系。
寻求法律帮助：如果双方在劳动关系处理过程中存在争议或无法达成一致意见，可以寻求法律帮助。作为专业律师，我可以为你提供详细的法律咨询和代理服务，帮助你维护自己的合法权益。
如果你在药店关门过程中遇到劳动关系问题，或者有任何其他劳动纠纷方面的疑问，都可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业、全面的法律建议。