行政复议中，被告提交的证据若为复印件且未加盖公章，其合法性和证据效力需分情况讨论，不能一概而论。以下从不同角度为您详细分析：

一、证据形式合法性的一般要求

根据《行政复议法》及相关证据规则，行政复议中的证据应当具备真实性、关联性和合法性。其中，合法性不仅要求证据内容合法，还要求证据形式符合法定要求。对于书证（如复印件），通常需要满足以下条件之一以证明其真实性：

1. 与原件核对无误：若复印件能与原件逐一核对，且无差异，可视为具有与原件同等的证明力。
2. 有其他证据佐证：即使无法直接核对原件，若复印件能与其他证据（如证人证言、鉴定意见等）相互印证，形成完整的证据链，亦可被采纳。
3. 对方认可：若对方当事人（如行政复议申请人）对复印件的真实性无异议，则无需进一步证明其真实性。

关于公章问题：公章是证明文件来源和真实性的重要标识，但并非所有复印件都必须加盖公章。若复印件能通过其他方式（如上述核对、佐证或认可）证明其真实性，即使未加盖公章，也不必然导致其无效。

二、未加盖公章复印件的特殊情形

1. 行政机关内部流转文件：若复印件为行政机关内部流转的文件（如内部审批表、会议纪要等），且能通过其他方式证明其真实性（如行政机关的说明、其他相关证据等），即使未加盖公章，也可能被采纳为证据。
2. 公开信息或已公示文件：若复印件内容为已公开的信息或已公示的文件（如政府网站公布的法规、政策等），其真实性通常无需通过公章证明，可直接作为证据使用。
3. 对方自认或无争议事实：若对方当事人对复印件内容无异议，或复印件内容属于无争议的事实（如行政机关已公开的行政行为、已生效的裁判文书等），则无需通过公章证明其真实性。

三、未加盖公章复印件可能面临的法律后果

1. 证据效力受限：若复印件无法通过上述方式证明其真实性，且未加盖公章，则其证据效力可能受到质疑，甚至被排除在证据范围之外。
2. 行政机关承担不利后果：在行政复议中，若行政机关提交的证据因形式不合法（如未加盖公章的复印件）而被排除，可能导致行政机关承担不利后果，如行政行为被撤销或确认违法。

四、建议与注意事项

1. 尽量提交原件或加盖公章的复印件：为避免证据效力问题，行政机关在提交证据时，应尽量提交原件或加盖公章的复印件。
2. 完善证据链：若只能提交未加盖公章的复印件，应通过其他方式（如证人证言、鉴定意见、其他相关证据等）完善证据链，以证明其真实性。
3. 及时沟通与说明：在行政复议过程中，若对方对复印件的真实性提出质疑，行政机关应及时沟通与说明，提供必要的信息和证据以支持其主张。

若您在行政复议中遇到类似问题，或对证据效力有进一步疑问，可直接向我咨询。我将结合您的具体情况，为您提供专业、全面的法律建议。