网约车司机违规被扣违约金，通常是不能开发票的。下面我来详细解释一下这个问题：

1. 违约金的性质：违约金是合同双方约定的一种惩罚性措施，用于约束合同当事人的行为。当一方违反合同约定时，需要向另一方支付违约金。这种支付并不是基于商品或服务的交易，而是基于违约行为的赔偿。

2. 发票的开具范围：发票是商品或服务交易的凭证，用于证明交易的真实性和合法性。一般来说，发票的开具需要基于真实的商品或服务交易行为。

3. 违约金与发票的关系：由于违约金并非基于商品或服务的交易而支付，因此它不属于发票的开具范围。换句话说，违约金的支付并不构成交易行为，所以无法开具发票。

4. 实际操作中的建议：如果网约车司机因违规被扣违约金，并希望获得某种形式的凭证，可以与平台或相关机构沟通，看是否能提供其他形式的证明文件，如收据、扣款通知等。这些文件虽然不是发票，但可以在一定程度上证明违约金的支付情况。

综上所述，网约车司机违规被扣违约金通常是不能开发票的。如果你在这方面还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。