结论前置：劳动关系在总公司时，分公司是否可以发工资，主要取决于分公司的法律地位和经营资格。若分公司依法取得营业执照或登记证书，则可以作为独立用人单位发放工资；若未依法取得，则通常由总公司发放工资。
详细分析：
分公司依法取得营业执照或登记证书的情况
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第四条，分公司如果已经依法取得营业执照或者登记证书，那么它可以作为独立的用人单位，具备与劳动者签订劳动合同的资格，并可以独立承担与用工相关的法律责任。
- 实际表现：在这种情况下，分公司会以自己的名义进行员工招聘、管理，并独立开展业务活动。员工直接受分公司管理，完成分公司安排的工作任务，并由分公司发放工资。因此，如果劳动关系在总公司，但分公司依法取得了营业执照或登记证书，且双方有约定或实际操作中由分公司发放工资，那么分公司是可以发放工资的。
分公司未依法取得营业执照或登记证书的情况
- 法律依据：若分公司未依法取得营业执照或登记证书，则它不具备独立的用工主体资格。此时，分公司不能独立与劳动者签订劳动合同，而是需要受总公司的委托才能与劳动者订立劳动合同。
- 实际关系：在这种情况下，尽管员工可能在分公司工作，但实际的用人单位是总公司。员工的招聘、管理、工资发放等均由总公司负责。因此，如果劳动关系在总公司，且分公司未依法取得营业执照或登记证书，那么工资通常应由总公司发放。
法律建议与风险提示：
- 核实分公司资格：劳动者在与分公司或总公司签订劳动合同时，应仔细核实对方的法律地位和经营资格，明确用人单位是分公司还是总公司。这有助于避免后续因用工主体不明确而产生的纠纷。
- 明确工资发放主体：在劳动合同中，应明确约定工资的发放主体和方式。如果约定由分公司发放工资，应确保分公司具备独立的用工主体资格，并了解相应的法律责任承担情况。
- 保留相关证据：劳动者应保留好与工资发放相关的证据，如工资条、银行转账记录等。这些证据在后续可能发生的劳动争议中具有重要的证明作用。
- 及时寻求法律援助：如遇劳动争议或权益受到侵害，劳动者应及时寻求法律援助，通过合法途径维护自己的权益。
总结：劳动关系在总公司时，分公司是否可以发工资取决于分公司的法律地位和经营资格。劳动者应仔细核实对方的资格和地位，明确工资发放主体，并保留好相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。