结论：法官在审理项目整体转让合同案件时，不能仅因没有转让土地就直接认定使用土地违法。土地使用是否违法需依据具体法律规定和事实情况综合判断。
分析说明：
土地使用合法性的判断依据：
- 土地使用是否合法，首先需看是否符合土地管理法、城乡规划法等相关法律法规的规定。这包括土地用途是否符合规划、是否取得了合法的土地使用权、是否按照批准的用途和范围使用土地等。
- 在项目整体转让合同案件中，即使合同中没有明确提及土地转让，也不能直接推断土地使用违法。因为土地使用可能基于原有的合法权利，或者合同双方可能通过其他方式（如租赁、合作等）获得了土地的使用权。
合同内容与土地使用合法性的关系：
- 合同内容本身并不直接决定土地使用的合法性。合同是双方意思表示的协议，其效力受合同法等法律的调整。而土地使用的合法性则受土地管理法等专门法律的调整。
- 如果合同中涉及土地使用的内容违反了相关法律法规，那么这部分内容可能是无效的，但这并不意味着整个土地使用行为都违法。需要具体分析合同中的哪些条款违反了法律，以及这些条款对土地使用合法性的影响。
法官的裁判原则：
- 法官在审理案件时，应当遵循以事实为依据、以法律为准绳的原则。不能仅凭合同中没有转让土地就主观臆断土地使用违法。
- 法官需要审查双方提供的证据，包括土地使用权证、规划许可证、合同文本等，以确定土地使用的合法性。如果证据不足或存在争议，法官可能需要进一步调查取证或要求双方补充证据。
法律建议：
- 如果您是案件的一方当事人，建议您积极收集并整理相关证据，以证明土地使用的合法性。这包括土地使用权证、规划许可证、合同文本、付款凭证等。
- 如果您对土地使用的合法性存在疑问，或者认为对方的土地使用行为侵犯了您的合法权益，您可以向相关部门（如土地管理部门、城乡规划部门等）进行咨询或投诉。
- 在诉讼过程中，您可以聘请专业律师作为您的代理人，帮助您分析案情、制定诉讼策略、收集证据等，以维护您的合法权益。
可能后果：
- 如果法官最终认定土地使用违法，那么可能涉及土地使用权的收回、罚款、拆除违法建筑等法律后果。具体后果需根据违法行为的性质、情节以及相关法律法规的规定来确定。
- 如果合同中涉及土地使用的内容被认定为无效或违法，那么合同双方可能需要承担相应的民事责任，如返还财产、赔偿损失等。