结论：涉案土地使用权转让合同判决有效后，当事人没有申请变更登记备案，这并不影响合同本身的效力，但可能影响物权变动的效力以及对抗第三人的效力。以下从不同角度进行详细分析：
一、合同效力与物权变动的关系
合同效力：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。因此，一旦土地使用权转让合同被判决有效，该合同即具有法律约束力，双方当事人应当按照合同约定履行各自的义务。
物权变动：土地使用权属于物权范畴，其变动需要遵循物权变动的规则。根据《民法典》第二百零九条：“不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。”这意味着，虽然土地使用权转让合同有效，但如果不进行变更登记备案，土地使用权并不会自动发生转移，即物权变动并未完成。
二、未申请变更登记备案的法律后果
对内效力：对于合同双方当事人而言，未申请变更登记备案并不影响合同的效力，双方仍需按照合同约定履行义务。但如果一方未履行合同义务，另一方可以依据合同约定和法律规定要求其承担违约责任。
对外效力：未进行变更登记备案的土地使用权转让，在对外关系上可能无法对抗善意第三人。例如，如果原土地使用权人将土地再次转让给第三人，并且第三人已经办理了变更登记备案手续，那么第三人将取得土地使用权，而原合同当事人之间的转让行为将无法对抗该第三人。
三、建议与措施
及时申请变更登记备案：为了保障自身权益，合同双方当事人在合同生效后，应及时向相关部门申请变更登记备案，以确保土地使用权的顺利转移。
完善合同条款：在签订土地使用权转让合同时，双方可以明确约定未按时办理变更登记备案的违约责任和赔偿方式，以督促双方及时履行义务。
咨询专业律师：在涉及土地使用权转让等复杂法律问题时，建议咨询专业律师以获取更全面、准确的法律意见和帮助。
总结来说，涉案土地使用权转让合同判决有效后，当事人没有申请变更登记备案并不影响合同本身的效力，但可能影响物权变动的效力以及对抗第三人的效力。因此，为了保障自身权益，建议合同双方当事人及时申请变更登记备案，并在合同中明确约定相关违约责任和赔偿方式。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。