在综合工时制下，一天工作13个小时是否违法，需分情况讨论：

1. 若该13小时未超出综合计算周期内的平均日工作时间和平均周工作时间：

   • 根据《劳动法》及相关规定，综合工时制是针对因工作性质特殊，需连续作业或受季节及自然条件限制的企业的部分职工，采用的以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度。在综合计算周期内，某一具体日（或周）的实际工作时间可以超过8小时（或40小时），但平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。
   • 若13小时的工作时间，在综合计算周期内，平均下来并未超出法定标准工作时间，则不违法。例如，若某职工以月为周期综合计算工作时间，该月内总工作时间未超过法定月工作时间（通常为166.64小时，即20.83天×8小时），则某一天工作13小时并不构成违法。

2. 若该13小时超出了综合计算周期内的平均日工作时间和平均周工作时间，且未安排补休或支付加班费：

   • 根据《劳动法》第四十一条，用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。
   • 在综合工时制下，若某一天工作13小时，且该延长的工作时间未在综合计算周期内通过调休等方式予以弥补，也未支付相应的加班费，则可能构成违法。因为这可能意味着劳动者在综合计算周期内的总工作时间超过了法定标准，且未得到相应的补偿。

3. 关于加班费的计算：

   • 若劳动者在综合工时制下延长了工作时间，且该延长的工作时间未在综合计算周期内通过调休等方式予以弥补，用人单位应按照《劳动法》第四十四条的规定支付加班费。具体来说，工作日延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
   • 对于一天工作13小时的情况，若构成加班，则加班费应按照上述标准计算。例如，若该13小时中有3小时为工作日延长工作时间，则这3小时应支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；若该13小时全部发生在休息日且未安排补休，则应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬（但需注意，在综合工时制下，休息日加班的认定需结合综合计算周期内的总工作时间来判断）。

建议：

• 劳动者应了解自己所在岗位是否实行综合工时制，并熟悉综合计算周期内的总工作时间要求。
• 若发现用人单位安排的工作时间超出法定标准或未支付加班费，应及时与用人单位沟通协商，必要时可向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
• 用人单位应严格遵守劳动法律法规，合理安排劳动者的工作时间，确保劳动者的合法权益不受侵害。

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